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- PDB-3h36: Structure of an uncharacterized domain in polyribonucleotide nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h36
タイトルStructure of an uncharacterized domain in polyribonucleotide nucleotidyltransferase from Streptococcus mutans UA159
要素Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Streptococcus mutans / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Nucleotidyltransferase / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily ...Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of an uncharacterized domain in polyribonucleotide nucleotidyltransferase from Streptococcus mutans UA159
著者: Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9703
ポリマ－10,8681
非ポリマー1022
水1,62190
1
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9406
ポリマ－21,7352
非ポリマー2044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area1730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
2
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9406
ポリマ－21,7352
非ポリマー2044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area1550 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.312, 59.312, 93.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-25-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase / 1.10.10.400.hmm mega family domain


分子量: 10867.694 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 231-320 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: pnp, pnpA, SMU_155 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8DWB2, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE ELECTRON DENSITY MAPS IN THIS REGION ARE OF A HIGH QUALITY AND CLEARLY SHOW ...AUTHORS STATE THAT THE ELECTRON DENSITY MAPS IN THIS REGION ARE OF A HIGH QUALITY AND CLEARLY SHOW A SERINE IN THIS POSITION. THE HYDROGEN-BONDING PATTERN AROUND THE OG OF SER 264 IS ALSO CONSISTENT WITH THIS IDENTIFICATION. ARG AND SER CODONS DIFFER ONLY BY THE LAST BASE PAIR. AUTHORS ARE NOT SURE ABOUT WHETHER THIS DIFFERENCE OCCURRED DURING SEQUENCING OR CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na Cacodylate pH6.5,0.2M Ca Acetate, 40% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945,0.97931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979311
Reflection冗長度: 11.9 % / Av σ(I) over netI: 65.5 / 数: 255616 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.54 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21470 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.615097.310.0718.88510.7
3.664.6110010.0565.62111.4
3.23.6610010.0755.65411.7
2.913.210010.0794.25811.8
2.72.9110010.0924.09212
2.542.710010.093.11712
2.412.5410010.0862.4412
2.312.4110010.0892.07712
2.222.3110010.0981.94512.1
2.142.2210010.1111.64412.2
2.072.1410010.1151.38312
2.022.0710010.141.42212.1
1.962.0210010.1661.21212.1
1.911.9610010.2131.14612.2
1.871.9110010.2541.05712
1.831.8710010.2931.03312.1
1.791.8310010.371.02412.2
1.761.7910010.470.99211.9
1.731.7610010.561.00312.1
1.71.7310010.6570.97911.5
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 11267 / Num. obs: 11267 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 2.246 / Net I/σ(I): 65.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 22.4 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Num. unique all: 541 / Χ2: 0.824 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.521 / FOM acentric: 0.552 / FOM centric: 0.4 / 反射: 11202 / Reflection acentric: 8939 / Reflection centric: 2263
Phasing MAD set

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.610.20.20089392263
20.830.734.71.010.9489352262
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
110.99-501.3310.70.4001438
16.17-10.991.2110.60.400117108
14.29-6.171.4510.60.400326177
13.29-4.291.2810.40.300640257
12.67-3.291.5510.30.2001064318
12.24-2.671.7110.20.1001591389
11.93-2.241.9310.10002222452
11.7-1.932.7210.10002965524
210.99-500.740.548.77.81.811.971437
26.17-10.990.880.7910.11.591.31116108
24.29-6.170.750.5567.71.811.45326177
23.29-4.290.660.64.45.51.811.32640257
22.67-3.290.750.653.74.71.371.061064318
22.24-2.670.790.712.53.51.220.921591389
21.93-2.240.90.812.43.50.720.542222452
21.7-1.930.980.962.640.360.252962524
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se32.416690.5880.5930.010
2Se41.627990.8250.74-0.0560
3Se34.783280.5890.5930.011-0.132
4Se39.028910.8250.74-0.056-0.114
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.99-500.5740.5930.567521438
6.17-10.990.5680.6820.445225117108
4.29-6.170.6840.7710.523503326177
3.29-4.290.7550.8140.609897640257
2.67-3.290.7250.7810.53813821064318
2.24-2.670.690.740.48419801591389
1.93-2.240.5150.5520.33126742222452
1.7-1.930.2620.2820.14734892965524
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 11202
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.01-10046.90.803503
3.93-5.0138.30.926502
3.41-3.9341.80.92508
3.08-3.4138.20.919502
2.85-3.0840.20.915505
2.68-2.8540.10.905501
2.54-2.6836.50.902501
2.42-2.5436.60.912514
2.32-2.4240.30.909514
2.24-2.3241.60.905507
2.16-2.2443.90.881507
2.1-2.1646.70.873506
2.04-2.150.40.88507
1.99-2.0449.50.869508
1.94-1.9959.30.851513
1.9-1.94570.832501
1.86-1.960.90.816502
1.82-1.8668.80.816524
1.79-1.8265.70.804522
1.76-1.7968.80.827529
1.7-1.7673.40.7351026

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→44.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.908 / SU B: 5.494 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / SU Rfree: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 460 4.8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.201 9492 --
obs0.201 9492 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.28 Å2 / Biso mean: 25.85 Å2 / Biso min: 13.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数633 0 5 90 728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.95951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95631170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.515589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.15825.47642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80815139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.032156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.5424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2581.5168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8222687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3573279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8464.5264
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 30 -
Rwork0.197 649 -
all-679 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3576-0.28990.04031.55311.39965.98050.11870.2564-0.0536-0.08120.0110.0112-0.0130.2179-0.12970.02230.0168-0.0220.058-0.00690.033521.369133.44643.4772
26.21092.0805-2.34312.9048-1.58349.4842-0.05710.32310.1017-0.33310.08170.3654-0.0226-0.4527-0.02460.04830.0078-0.05080.034-0.00510.053815.508735.0532-1.8874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A227 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2A288 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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