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Yorodumi- PDB-3h35: Structure of the uncharacterized protein ABO_0056 from the hydroc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3h35 | ||||||
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Title | Structure of the uncharacterized protein ABO_0056 from the hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis SK2. | ||||||
Components | uncharacterized protein ABO_0056 | ||||||
Keywords | structural genomics / unknown function / Alcanivorax borkumensis / ubiquitous hydrocarbon degrading bacterium / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Translation Initiation Factor IF3 - #190 / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / S,R MESO-TARTARIC ACID / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Alcanivorax borkumensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Structure of the uncharacterized protein ABO_0056 from the hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis SK2. Authors: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3h35.cif.gz | 102.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3h35.ent.gz | 81.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3h35.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h35 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Unknown but likely the trimer in asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 20632.846 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alcanivorax borkumensis (bacteria) / Strain: SK2 / Gene: ABO_0056 / Plasmid: modified p11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): modified BL21 (DE3) / References: UniProt: Q0VTF8 #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Chemical | ChemComp-SRT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: 0.2M K/Na Tartrate*4H2O, 18% PEG3340, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97940,0.97953 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 12 % / Av σ(I) over netI: 37.75 / Number: 351497 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.34 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29280 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 29280 / Num. obs: 29280 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.34 / Net I/σ(I): 37.75 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.293 / FOM acentric: 0.307 / FOM centric: 0.178 / Reflection: 29087 / Reflection acentric: 25933 / Reflection centric: 3154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.15 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 29087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.15→41.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.204 / WRfactor Rwork: 0.169 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.89 / SU B: 9.367 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / SU Rfree: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.169 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.22 Å2 / Biso mean: 33.449 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→41.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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