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万見
- PDB-3h2k: Crystal structure of a ligand-bound form of the rice cell wall de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h2k
タイトルCrystal structure of a ligand-bound form of the rice cell wall degrading esterase LipA from Xanthomonas oryzae
要素esterase
キーワードHYDROLASE / Xanthomonas oryzae pv. oryzae / esterase / cell wall degrading enzyme / rice / virulence / innate immune responses / pathogenesis / glycoside binding
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase activity / aminopeptidase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Secretory lipase / Lipase, secreted / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl aminopeptidases/acylaminoacyl-peptidases
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aparna, G. / Chatterjee, A. / Sonti, R.V. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: A Cell Wall-Degrading Esterase of Xanthomonas oryzae Requires a Unique Substrate Recognition Module for Pathogenesis on Rice
著者: Aparna, G. / Chatterjee, A. / Sonti, R.V. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2009年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2473
ポリマ－42,6631
非ポリマー5852
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.340, 64.920, 65.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 esterase / Putative uncharacterized protein


分子量: 42662.637 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 45-441 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: BXO43 / 遺伝子: LipA / プラスミド: pHM1
発現宿主: Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株 (発現宿主): BXO43
参照: UniProt: Q5H5J0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 12% PEG 6000, 0.10M MES, 17.5mM BOG, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 23753 / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H2G

3h2g


解像度: 2.1→24.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1641582.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1195 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 23753 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1022 Å2 / ksol: 0.347913 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å2-7.95 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2946 0 40 306 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 95 5 %
Rwork0.217 1808 -
obs--79.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3DRGCNS.PARamDRGCNS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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