PDB-3h1x: Simultaneous inhibition of anti-coagulation and inflammation: Cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h1x

タイトル

Simultaneous inhibition of anti-coagulation and inflammation: Crystal structure of phospholipase A2 complexed with indomethacin at 1.4 A resolution reveals the presence of the new common ligand binding site

要素

Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa

キーワード

HYDROLASE / PLA2 / Anti-inflammatory / Anti-coagulant / Indomethacin

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Daboia russellii russellii (ヘビ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Singh, N. / Prem Kumar, R. / Sharma, S. / Kaur, P. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2009
タイトル: Simultaneous inhibition of anti-coagulation and inflammation: crystal structure of phospholipase A2 complexed with indomethacin at 1.4 A resolution reveals the presence of the new common ligand-binding site
著者: Singh, N. / Kumar, R.P. / Kumar, S. / Sharma, S. / Mir, R. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.

履歴

登録	2009年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h1x.cif.gz	75.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h1x.ent.gz	55.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h1x_validation.pdf.gz	714.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h1x_full_validation.pdf.gz	717.5 KB	表示
XML形式データ	3h1x_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3h1x_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fb2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uy1-2 2g58-d 2dpz-d 2oli-d 2otf-d 6tmy-1 1kpm-2 2fnx-d 5g3m-1 3cbi-1 2qhw-d 3u8h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (10) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.660, 51.660, 48.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / DPLA2 / P1 分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii russellii (ヘビ) / 株: Viper Russells / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-IMN / INDOMETHACIN / インドメタシン分子量: 357.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆ClNO₄ / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4000 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5414 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月10日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→51.99 Å / Num. all: 24939 / Num. obs: 24939 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.7 % / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.418 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FB2

1fb2

解像度: 1.4→51.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.112 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20661	518	2.1 %	RANDOM
R_work	0.19013	-	-	-
obs	0.19042	24235	99.25 %	-
all	-	24939	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1005	0	40	243	1288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.273	2.022	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.014	3	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.7	3	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.803	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.406	0.3	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.3	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.3	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	1.5	641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.821	2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	3	430
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.152	4.5	419
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.252	2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.081	2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.968	2	1045

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	46
R_work	0.242	1809

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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