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万見
- PDB-3h1v: Human glucokinase in complex with a synthetic activator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1v
タイトルHuman glucokinase in complex with a synthetic activator
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / glucokinase / diabetes / allosteric activator / Alternative splicing / ATP-binding / Diabetes mellitus / Disease mutation / Glycolysis / Kinase / Nucleotide-binding / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / regulation of potassium ion transport / hexokinase / glucose catabolic process / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP+ metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / regulation of potassium ion transport / hexokinase / glucose catabolic process / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP+ metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / D-glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / Glycolysis / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / response to glucose / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / regulation of insulin secretion / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose homeostasis / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Chem-TK1 / Hexokinase-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Kamata, K. / Takahashi, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: The design and optimization of a series of 2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazole compounds as allosteric glucokinase activators.
著者: Takahashi, K. / Hashimoto, N. / Nakama, C. / Kamata, K. / Sasaki, K. / Yoshimoto, R. / Ohyama, S. / Hosaka, H. / Maruki, H. / Nagata, Y. / Eiki, J. / Nishimura, T.
履歴
登録2009年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2904
ポリマ－50,6111
非ポリマー6803
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.793, 79.793, 326.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase / Hexokinase type IV / HK IV / Hexokinase-4 / HK4 / Hexokinase-D


分子量: 50610.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 16-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / プラスミド: pFLAG-CTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alfa / 参照: UniProt: P35557, glucokinase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-TK1 / 1-({5-[4-(methylsulfonyl)phenoxy]-2-pyridin-2-yl-1H-benzimidazol-6-yl}methyl)pyrrolidine-2,5-dione


分子量: 476.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20N4O5S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 % / Mosaicity: 0.441 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 30% PEG 1500, HEPES, pH 6.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月25日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 34817 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 31.93
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.11-2.192.30.29229430.91683
2.19-2.272.90.22131950.88888.6
2.27-2.383.80.18333350.91892.9
2.38-2.550.14135150.9797.3
2.5-2.666.90.11435711.04498.7
2.66-2.8670.08635851.08898.4
2.86-3.1570.06235901.17598.2
3.15-3.616.80.04936231.36597.8
3.61-4.546.60.03936171.49695.9
4.54-506.20.02938431.17693.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.11→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.413 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1733 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.235 34816 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.33 Å2 / Biso mean: 39.888 Å2 / Biso min: 12.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3492 0 47 120 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0213596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0131.984839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3135445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.94224.035171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.05215658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3541530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.4410.279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22461
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3420.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.290.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4430.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3221.52200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33823529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.48331430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4534.51310
LS精密化 シェル解像度: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 99 -
Rwork0.274 2011 -
all-2110 -
obs--79.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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