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- PDB-3h0t: Hepcidin-Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0t
タイトルHepcidin-Fab complex
要素
  • Fab fragment, Heavy chain
  • Fab fragment, Light chain
  • Hepcidin
キーワードIMMUNE SYSTEM/Antimicrobial Protein / Peptide-Fab complex / Antibiotic / Antimicrobial / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / Fungicide / Hormone / Secreted / IMMUNE SYSTEM-Antimicrobial Protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of iron export across plasma membrane / negative regulation of intestinal absorption / negative regulation of iron ion transmembrane transport / response to iron ion / transporter regulator activity / defense response to fungus / hormone activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / killing of cells of another organism ...negative regulation of iron export across plasma membrane / negative regulation of intestinal absorption / negative regulation of iron ion transmembrane transport / response to iron ion / transporter regulator activity / defense response to fungus / hormone activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis / defense response to bacterium / immune response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepcidin / Hepcidin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Syed, R. / Li, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Hepcidin revisited, disulfide connectivity, dynamics, and structure.
著者: Jordan, J.B. / Poppe, L. / Haniu, M. / Arvedson, T. / Syed, R. / Li, V. / Kohno, H. / Kim, H. / Schnier, P.D. / Harvey, T.S. / Miranda, L.P. / Cheetham, J. / Sasu, B.J.
履歴
登録2009年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab fragment, Light chain
B: Fab fragment, Heavy chain
C: Hepcidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4363
ポリマ－51,4363
非ポリマー00
水6,593366
1
A: Fab fragment, Light chain
B: Fab fragment, Heavy chain
C: Hepcidin

A: Fab fragment, Light chain
B: Fab fragment, Heavy chain
C: Hepcidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8726
ポリマ－102,8726
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11700 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.077, 52.169, 65.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-355-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab fragment, Light chain


分子量: 23132.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab fragment, Heavy chain


分子量: 25501.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Hepcidin / Liver-expressed antimicrobial peptide / LEAP-1 / Putative liver tumor regressor / PLTR / Hepcidin- ...Liver-expressed antimicrobial peptide / LEAP-1 / Putative liver tumor regressor / PLTR / Hepcidin-25 / Hepc25 / Hepcidin-20 / Hepc20


分子量: 2802.455 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 60-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAMP, HEPC, hepcidin, LEAP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P81172
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES,70% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→86.07 Å / Num. obs: 41776 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8FAB

8fab


解像度: 1.89→86.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.076 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25085 2225 5.1 %RANDOM
Rwork0.20217 ---
obs0.20464 41776 94.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å20 Å2-0.34 Å2
2--2.69 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→86.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 0 366 3821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2451.9514848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4615458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89424.453128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72215548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6051512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4841.52356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42223747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.52931391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2684.51101
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 127 -
Rwork0.281 2151 -
obs--66.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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