[日本語] English
万見
- PDB-3h0p: 2.0 Angstrom Crystal Structure of an Acyl Carrier Protein S-malon... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0p
タイトル2.0 Angstrom Crystal Structure of an Acyl Carrier Protein S-malonyltransferase from Salmonella typhimurium.
要素S-malonyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein / S-malonyltransferase / idp00956 / FabD / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.0 Angstrom Crystal Structure of an Acyl Carrier Protein S-malonyltransferase from Salmonella typhimurium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-malonyltransferase
B: S-malonyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5395
ポリマ－66,2512
非ポリマー2883
水7,981443
1
A: S-malonyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2212
ポリマ－33,1251
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: S-malonyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3183
ポリマ－33,1251
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.589, 92.169, 77.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 S-malonyltransferase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / MCT


分子量: 33125.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: fabD, STM1194 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O85140, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein Solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen Solution: 1M Lithium Sulphate, 0.1M Bis-Tris-Propane HCl (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 41818 / Num. obs: 41818 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2146 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G2Y

2g2y


解像度: 2→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 9.152 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Isotropic Individual Temperature Factors Refined
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 2079 5 %RANDOM
Rwork0.18975 ---
all0.19246 39714 --
obs0.19246 39714 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å2-0 Å20.58 Å2
2---0.75 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 15 443 4998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.9646429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8337498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7045629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86525.667180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.76715744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8181516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0461.53113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3331.51260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70524979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07631595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7514.51450
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 144 -
Rwork0.212 2772 -
obs-2772 91.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8047-0.09910.15972.47670.25211.3660.1008-0.1854-0.020.0586-0.17640.0850.0996-0.16470.07560.0395-0.00190.01860.0716-0.00350.01716.80718.987338.7881
22.03151.18530.70974.4660.43141.68750.0344-0.1175-0.1328-0.11880.0624-0.44050.11490.1916-0.09690.01470.01410.01410.06120.01020.097330.57694.150834.9113
31.4557-0.03920.06012.79910.57720.54160.0224-0.120.0068-0.1734-0.0366-0.1769-0.0652-0.0290.01420.02950.00950.01480.07140.00990.021324.166812.771634.8175
40.6979-0.4112-0.19592.02810.82822.03290.0742-0.04810.0972-0.0363-0.077-0.00460.0161-0.04320.00280.0249-0.0077-0.00150.01-0.00840.024513.841728.145642.4422
51.547-0.4348-0.33143.57880.10250.97520.038-0.0255-0.0833-0.1415-0.18130.4204-0.0218-0.06640.14330.0107-0.0071-0.0210.063-0.02350.06817.988611.198837.1651
61.03860.14780.11282.8080.74741.18530.02840.09490.1437-0.0739-0.0765-0.0069-0.088-0.00540.0480.02870.00030.00160.02020.0130.02218.066412.851278.0281
76.1311-1.79390.66382.4805-0.15282.4311-0.09910.00080.22390.13860.1308-0.5058-0.0010.2186-0.03170.00840.0052-0.03370.0396-0.01260.148131.82166.892783.0731
81.3373-0.0453-0.02532.640.57640.76930.02250.0229-0.03980.1248-0.0658-0.1163-0.0157-0.00790.04330.03340.0033-0.00890.03880.01110.015421.59265.082781.026
90.73250.2670.10941.66511.04041.73110.04250.0766-0.0681-0.0552-0.07110.0038-0.0292-0.07390.02860.02470.01520.00830.017-0.00480.016612.132-10.714869.9309
101.7311.02780.44192.82760.14660.98730.0348-0.04040.03510.0993-0.10390.15110.0228-0.10330.06910.00810.0030.00970.0434-0.01990.03176.69344.572579.1235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4A120 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5A249 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7B31 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 118
9X-RAY DIFFRACTION9B119 - 232
10X-RAY DIFFRACTION10B233 - 309

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る