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- PDB-3h0d: Crystal structure of CtsR in complex with a 26bp DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0d
タイトルCrystal structure of CtsR in complex with a 26bp DNA duplex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • CtsR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein DNA complex / winged HTH domain / 4-helix bundle / DNA tandem repeat / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator CtsR, winged HTH domain / Transcriptional repressor of class III stress genes, C-terminal domain / Transcriptional regulator CtsR / CtsR, N-terminal HTH domain / CtsR, C-terminal dimerization domain / CtsR, N-terminal domain superfamily / CtsR, C-terminal domain superfamily / CtsR N-terminal HTH domain / CtsR C-terminal dimerization domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 ...Transcriptional regulator CtsR, winged HTH domain / Transcriptional repressor of class III stress genes, C-terminal domain / Transcriptional regulator CtsR / CtsR, N-terminal HTH domain / CtsR, C-terminal dimerization domain / CtsR, N-terminal domain superfamily / CtsR, C-terminal domain superfamily / CtsR N-terminal HTH domain / CtsR C-terminal dimerization domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator CtsR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Clausen, T. / Fuhrmann, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: McsB is a protein arginine kinase that phosphorylates and inhibits the heat-shock regulator CtsR
著者: Fuhrmann, J. / Schmidt, A. / Spiess, S. / Lehner, A. / Turgay, K. / Mechtler, K. / Charpentier, E. / Clausen, T.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CtsR
B: CtsR
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2507
ポリマ－52,9654
非ポリマー2853
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.198, 76.087, 167.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CtsR


分子量: 18498.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: NCA 26 / 遺伝子: CtsR / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C3W947*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8051.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7917.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 % / Mosaicity: 0.53 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 220mM ammonium sulfate, 20% PEG300, 15% glycerol, 100mM phosphate/citrate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月4日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25.725 Å / Num. obs: 32628 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 5.424
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.533.40.4751.51591246600.47599.9
2.53-2.683.20.3081.91382543620.30899.7
2.68-2.873.20.23.41347941620.299.9
2.87-3.13.30.1274.51280538290.12799
3.1-3.393.50.0882.31241935830.088100
3.39-3.793.20.0549.61038532580.05499.9
3.79-4.383.10.04112.1902828900.04199.8
4.38-5.373.30.03218.2825524660.03299.6
5.37-7.593.10.02819.4608019630.02899.9
7.59-25.7330.02123.3332010950.02196.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
SOLOMON位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1652 5.1 %random
Rwork0.213 ---
all0.218 32314 --
obs0.218 32314 100 %-
溶媒の処理Bsol: 44.323 Å2
原子変位パラメータBiso max: 146.15 Å2 / Biso mean: 60.692 Å2 / Biso min: 16.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.716 Å20 Å20 Å2
2--7.573 Å20 Å2
3----22.289 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 1060 15 176 3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.63
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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