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- PDB-3h09: The structure of Haemophilus influenzae IgA1 protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h09
タイトルThe structure of Haemophilus influenzae IgA1 protease
要素Immunoglobulin A1 protease
キーワードHYDROLASE / serine protease / immunoglobulin A1 / beta helix / Membrane / Protease / Secreted / Transmembrane / Virulence / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA-specific serine endopeptidase / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #40 / Double Stranded RNA Binding Domain - #280 / Pertactin, central region / Pertactin / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Hormone receptor fold / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease ...Hormone receptor fold - #40 / Double Stranded RNA Binding Domain - #280 / Pertactin, central region / Pertactin / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Hormone receptor fold / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Thrombin, subunit H - #120 / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Double Stranded RNA Binding Domain / Few Secondary Structures / Irregular / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MALONIC ACID / Immunoglobulin A1 protease autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Johnson, T.A. / Qiu, J. / Plaut, A.G. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Active-Site Gating Regulates Substrate Selectivity in a Chymotrypsin-Like Serine Protease The Structure of Haemophilus influenzae Immunoglobulin A1 Protease.
著者: Johnson, T.A. / Qiu, J. / Plaut, A.G. / Holyoak, T.
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin A1 protease
B: Immunoglobulin A1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,45315
ポリマ－217,6052
非ポリマー84813
水32,6431812
1
A: Immunoglobulin A1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2567
ポリマ－108,8021
非ポリマー4536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Immunoglobulin A1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1988
ポリマ－108,8021
非ポリマー3957
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.385, 131.872, 111.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin A1 protease / IGA1 protease


分子量: 108802.336 Da / 分子数: 2 / 変異: N1007H,N1008H,I1009H,G1010H,A1011H,D1012H / 由来タイプ: 天然
詳細: mutation of residues 1007-1012 to incoporate a 6-His tag to C-temerminus of genomic copy
由来: (天然) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 参照: UniProt: P44969, IgA-specific serine endopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% PEG 20,000, 0.1M Sodium acetate pH 5.0, 0.1M dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.86 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 251843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 16.688
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.815.20.749249240.973199
1.81-1.896.80.626251300.994199.9
1.89-1.977.60.452251511.0421100
1.97-2.077.70.31251011.0151100
2.07-2.27.70.237251531.0111100
2.2-2.387.70.185252141.0051100
2.38-2.617.80.146252121.0341100
2.61-2.997.80.105251761.0551100
2.99-3.777.80.065253161.0861100
3.77-507.70.043254661.004199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.18 Å
Translation2.5 Å33.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WXR

1wxr


解像度: 1.75→33.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.189 / WRfactor Rwork: 0.161 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.892 / SU B: 4.054 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / SU Rfree: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 12657 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 251796 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.4 Å2 / Biso mean: 9.134 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.03 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14904 0 55 1812 16771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02215878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.93621685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11552142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68225.56813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.173152704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.51575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7831.59837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.494215947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53236041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2344.55623
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 900 -
Rwork0.279 16746 -
all-17646 -
obs--94.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5229-0.06140.02050.6375-0.08230.33060.0012-0.0041-0.0127-0.01080.0080.06840.0032-0.0291-0.00920.13910.00320.02360.0898-0.00570.014633.4356.84912.103
20.62520.05930.00280.7278-0.09770.3285-0.0302-0.0032-0.0406-0.0220.04430.14050.0151-0.0882-0.01420.12430.00020.01980.09720.00520.035523.6132.7088.58
30.45360.09070.02410.4268-0.03960.1444-0.013-0.0180.101-0.00110.01-0.0252-0.06570.00580.0030.1752-0.00430.01270.0793-0.01160.029449.38631.359.447
40.93270.3894-1.6130.8654-1.57635.42340.0169-0.2278-0.08080.1433-0.01670.0331-0.120.1116-0.00010.13960.01610.010.18130.03990.037158.6832.87149.417
50.6631-0.1287-0.16420.19260.04340.3273-0.0177-0.0029-0.1329-0.01690.0036-0.01820.05040.07450.01410.16180.01730.01060.11-0.00650.052676.112-7.85911.624
60.5333-0.1272-0.2390.65610.09310.5999-0.0205-0.0869-0.04130.00830.0017-0.110.00990.15750.01880.15880.00210.03560.16230.0320.05269.9671.676-30.72
70.7545-0.2695-0.29080.92130.29940.5792-0.0545-0.1748-0.01820.0540.0494-0.1728-0.00670.25290.0050.15350.00010.02080.22590.03770.059277.1443.84-25.687
80.84660.09560.07610.56150.19480.6784-0.02480.02560.1226-0.03450.0149-0.0059-0.20750.02330.00990.23320.00090.02310.08680.0120.025550.59724.13-26.524
90.6504-0.2428-1.60440.40450.7946.04580.01840.166-0.0532-0.0659-0.0549-0.0032-0.1169-0.20150.03650.1445-0.00460.01660.1619-0.03370.021344.1894.151-67.482
100.53490.1715-0.08970.2407-0.17780.3059-0.01560.0491-0.1377-0.04780.03-0.00240.0395-0.0706-0.01440.15820.00050.01030.131-0.00610.051426.326-12.969-31.964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3A306 - 549
4X-RAY DIFFRACTION4A550 - 626
5X-RAY DIFFRACTION5A627 - 964
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7B136 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8B346 - 549
9X-RAY DIFFRACTION9B550 - 629
10X-RAY DIFFRACTION10B630 - 964

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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