PDB-3h08: Crystal structure of the Ribonuclease H1 from Chlorobium tepidum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h08

タイトル

Crystal structure of the Ribonuclease H1 from Chlorobium tepidum

要素

Rnh (Ribonuclease H)

キーワード

HYDROLASE / RNase H / Endonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ratcliff, K. / Corn, J. / Marqusee, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
著者: Ratcliff, K. / Corn, J. / Marqusee, S.

履歴

登録	2009年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h08.cif.gz	131.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h08.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h08_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h08_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	3h08_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	3h08_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zzg-d 1jpb-d 1a6n-d 3qqr-1 1vxe-d 5jom-d 5azr-d 1jp9-d 1cfz-1 1mlg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rnh (Ribonuclease H)

B: Rnh (Ribonuclease H)

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rnh (Ribonuclease H)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rnh (Ribonuclease H)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.457, 33.388, 66.072
Angle α, β, γ (deg.)	100.38, 99.43, 90.82
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Rnh (Ribonuclease H) 分子量: 16334.626 Da / 分子数: 2 / 変異: C33A, C63A, C133A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: CT1612, rnh, rnhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93SU7, ribonuclease H
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.23	44.84
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	20% PEG 4000, 0.1M sodium HEPES, 10% ispropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
298	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.4	26% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	1.1158
シンクロトロン	ALS	8.3.1	2	0.9794

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2005年5月22日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2005年9月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 KHOZU Double flat crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1158	1
2	0.9794	1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 36214 / Num. obs: 36214 / % possible obs: 95.5 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.3

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / R_sym value: 0.093 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.1 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.087
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19362	1758	5 %	RANDOM
R_work	0.15969	-	-	-
obs	0.16146	33439	95.52 %	-
all	-	36214	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	-1.07 Å²	-0.3 Å²
2-	-	0.76 Å²	-0.57 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2275	0	2	218	2495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.956	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.715	3	4948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.65	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.664	24.4	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.941	15	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.657	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.187	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.211	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.225	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.289	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.677	1.5	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.519	1.5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.001	2	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.259	3	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.461	4.5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.55	3	5442
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.707	3	220
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.442	3	4393

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.637 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	92	-
R_work	0.122	2352	-
obs	-	-	92.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4067	0.2929	0.7886	1.3884	-0.277	3.8148	0.0084	-0.2081	0.2377	-0.0045	0.0563	0.0092	-0.0778	0.0204	-0.0647	-0.1464	0.0167	-0.0022	-0.1035	-0.0286	-0.0608	11.6594	18.4417	-26.8441
2	13.9462	-8.068	-4.8427	8.2438	2.5199	3.9164	-0.0931	0.1615	-0.3892	-0.0151	-0.0064	0.3968	0.1768	-0.4283	0.0994	-0.1585	-0.0286	-0.0088	-0.073	0.0199	-0.0896	3.9177	13.8204	-33.9048
3	3.0932	1.142	-4.8376	1.1492	-0.905	14.2017	-0.2995	-0.1149	-0.3372	0.1274	-0.0418	-0.1166	0.9034	-0.4549	0.3413	0.1071	-0.0205	0.0372	-0.0815	0.0535	-0.0271	3.6288	2.0025	-21.3633
4	7.9163	-2.1062	5.028	3.2235	-4.4422	8.5621	0.1323	-0.6903	-0.2069	0.1145	-0.0022	0.206	0.3275	-0.358	-0.13	-0.0855	0.0004	0.0431	0.0472	0.0261	-0.0694	3.3462	10.0066	-18.0204
5	26.9641	-9.0854	-6.0713	7.4038	1.2359	6.2186	-0.2689	0.6043	-0.689	-0.187	-0.016	0.151	0.4846	-0.1614	0.2849	-0.0684	-0.0376	0.01	-0.118	0.0023	-0.063	6.2709	8.2544	-33.4507
6	5.1215	2.8146	4.3571	4.0643	2.5145	14.4149	-0.0572	0.2874	0.1933	-0.1554	0.3215	-0.3035	-0.4201	0.4636	-0.2643	-0.1532	0.0132	0.0371	0.0098	-0.0264	0.0089	21.3208	19.1893	-30.9453
7	1.9152	0.1934	0.7067	5.2828	-0.8657	3.8035	0.0296	-0.0313	-0.0309	-0.1765	0.0193	-0.1212	-0.0603	0.062	-0.0489	-0.1069	0.0183	0.0327	-0.1469	-0.0011	-0.0923	2.5298	-5.2634	7.0869
8	12.0126	-14.1028	-0.2013	24.6162	3.1315	4.5408	0.1419	-0.2639	-0.2342	0.0487	0.022	0.3528	0.5031	-0.3389	-0.164	-0.0835	-0.0509	-0.0245	-0.121	0.0323	-0.0745	-1.5833	-13.4572	14.084
9	0.8785	1.282	0.7552	3.291	1.9321	5.5888	-0.0328	0.0103	0.0064	-0.4635	-0.1668	0.4126	0.1162	-0.8902	0.1996	0.0153	-0.0067	-0.0712	0.0196	-0.0319	-0.0229	-10.7479	-13.4314	-0.3492
10	11.3656	-14.5889	-3.0009	30.7329	6.8292	6.0412	-0.0919	-0.6084	-0.0176	0.9184	0.0261	0.5889	0.1521	-0.4515	0.0658	-0.0959	-0.0741	-0.0137	-0.0006	-0.039	-0.0052	-7.32	-10.2635	14.0368
11	2.2828	1.3393	-1.5287	4.5717	-4.9651	18.6971	0.1694	-0.1096	0.2811	0.0297	0.0258	-0.0097	-0.5304	-0.069	-0.1952	0.0105	0.0226	0.0464	-0.1795	-0.0193	-0.069	3.251	4.5893	11.3237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	116 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	126 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	71 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	116 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	125 - 145

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関連情報:EMDBヘッダ

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