PDB-3gzf: Structure of the C-terminal domain of nsp4 from Feline Coronavirus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gzf

タイトル

Structure of the C-terminal domain of nsp4 from Feline Coronavirus

要素

Replicase polyprotein 1ab

キーワード

VIRAL PROTEIN / Coronavirus / FCoV / nsp4

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / viral genome replication / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

Coronavirus nonstructural protein 4 C-terminus / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like ...Coronavirus nonstructural protein 4 C-terminus / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / DNA polymerase; domain 1 / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Feline coronavirus (ネココロナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.756 Å

データ登録者

Manolaridis, I. / Wojdyla, J.A. / Panjikar, S. / Snijder, E.J. / Gorbalenya, A.E. / Coutard, B. / Tucker, P.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the C-terminal domain of nsp4 from feline coronavirus
著者: Manolaridis, I. / Wojdyla, J.A. / Panjikar, S. / Snijder, E.J. / Gorbalenya, A.E. / Berglind, H. / Nordlund, P. / Coutard, B. / Tucker, P.A.

履歴

登録	2009年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gzf.cif.gz	99.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gzf.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gzf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mc4-d 4tlq-d 1icc-5 3bzx-4 1xer-1 4hy5-d 5in7-d 1w4v-2 1w89-1 2alg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #242 - 2020年2月コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Replicase polyprotein 1ab

B: Replicase polyprotein 1ab

C: Replicase polyprotein 1ab

D: Replicase polyprotein 1ab

E: Replicase polyprotein 1ab

ヘテロ分子

54 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Replicase polyprotein 1ab

C: Replicase polyprotein 1ab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Replicase polyprotein 1ab

D: Replicase polyprotein 1ab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Replicase polyprotein 1ab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.538, 127.538, 42.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
1	2	B
2	2	A
1	3	C
2	3	D
1	4	A
2	4	B
3	4	E

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	4 - 42	5 - 43
2	1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	4 - 42	5 - 43
3	1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	4 - 42	5 - 43
4	1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	4 - 42	5 - 43
5	1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	4 - 42	5 - 43
1	2	1	SER	SER	PHE	PHE	A	A	44 - 45	45 - 46
2	2	1	SER	SER	PHE	PHE	B	B	44 - 45	45 - 46
3	2	1	SER	SER	PHE	PHE	C	C	44 - 45	45 - 46
4	2	1	SER	SER	PHE	PHE	D	D	44 - 45	45 - 46
5	2	1	SER	SER	PHE	PHE	E	E	44 - 45	45 - 46
1	3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	A	A	48	49
2	3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	B	B	48	49
3	3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	C	C	48	49
4	3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	D	D	48	49
5	3	1	TYR	TYR	TYR	TYR	E	E	48	49
1	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	A	A	64 - 66	65 - 67
2	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	B	B	64 - 66	65 - 67
3	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	C	C	64 - 66	65 - 67
4	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	D	D	64 - 66	65 - 67
5	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	E	E	64 - 66	65 - 67
1	5	1	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	68 - 87	69 - 88
2	5	1	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	68 - 87	69 - 88
3	5	1	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	68 - 87	69 - 88
4	5	1	LEU	LEU	PRO	PRO	D	D	68 - 87	69 - 88
5	5	1	LEU	LEU	PRO	PRO	E	E	68 - 87	69 - 88
1	1	2	MET	MET	ALA	ALA	B	B	55 - 63	56 - 64
2	1	2	MET	MET	ALA	ALA	A	A	55 - 63	56 - 64
1	2	2	THR	THR	LEU	LEU	B	B	88 - 95	89 - 96
2	2	2	THR	THR	LEU	LEU	A	A	88 - 95	89 - 96
1	1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	49 - 63	50 - 64
2	1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	D	D	49 - 63	50 - 64
1	2	3	THR	THR	VAL	VAL	C	C	88 - 91	89 - 92
2	2	3	THR	THR	VAL	VAL	D	D	88 - 91	89 - 92
1	1	4	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	56 - 63	57 - 64
2	1	4	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	56 - 63	57 - 64
3	1	4	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	56 - 63	57 - 64
1	2	4	THR	THR	VAL	VAL	A	A	88 - 89	89 - 90
2	2	4	THR	THR	VAL	VAL	B	B	88 - 89	89 - 90
3	2	4	THR	THR	VAL	VAL	E	E	88 - 89	89 - 90

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Replicase polyprotein 1ab / Non-structural protein 4 / nsp4 / Peptide HD2 分子量: 10758.067 Da / 分子数: 5 / 断片: C-terminal domain of nsp4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Feline coronavirus (ネココロナウイルス) 株: FIPV WSU-79 / プラスミド: pMM8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q98VG9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE IS FROM GENBANK DATABASE, AAY32595.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 5000, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X12	1	0.9777
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X12	2	0.978

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2008年12月12日	mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2008年12月20日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal Si(111)	SAD	x-ray	1
2	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9777	1
2	0.978	1

反射

解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 18188 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.05 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.25

反射シェル

解像度: 2.75→2.92 Å / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.36 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / % possible all: 96.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.28 Å / D res low: 19.95 Å / FOM : 0.331 / FOM acentric: 0.355 / FOM centric: 0.327 / 反射: 6945 / Reflection acentric: 860 / Reflection centric: 6085

Phasing MAD set

反射: 6945 / Reflection acentric: 6085 / Reflection centric: 860

ID	R cullis	R cullis acentric	R cullis centric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power (kW)	Power acentric	Power centric
NATIVE	0	0	0	0.164	0.128	0.42	3.28	19.95	0	0	0
PEAK	0.838	0.836	0.852	0.147	0.144	0.168	3.8	19.98	1.09	1.131	0.804

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R cullis centric	R kraut	R kraut acentric	R kraut centric	Power (kW)	Power acentric	Power centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
NATIVE	6.97-19.95	0	0	0	0.193	0.138	0.42	0	0	0	1174	944	230
NATIVE	5.08-6.97	0	0	0	0.16	0.125	0.4	0	0	0	1863	1627	236
NATIVE	4.2-5.08	0	0	0	0.162	0.131	0.446	0	0	0	2328	2097	231
NATIVE	3.65-4.2	0	0	0	0.152	0.122	0.412	0	0	0	1580	1417	163
NATIVE	3.28-3.65	0	0	0	0	0	0	0	0	0		0	0
PEAK	7.94-19.98	0.768	0.74	0.864	0.089	0.083	0.111	1.498	1.628	1.041	763	594	169
PEAK	5.85-7.94	0.749	0.743	0.781	0.125	0.122	0.144	1.531	1.623	1.003	1154	983	171
PEAK	4.85-5.85	0.798	0.799	0.796	0.146	0.141	0.177	1.189	1.23	0.888	1468	1294	174
PEAK	4.23-4.85	0.879	0.878	0.881	0.15	0.148	0.164	0.896	0.927	0.629	1670	1497	173
PEAK	3.8-4.23	0.915	0.913	0.935	0.183	0.177	0.243	0.751	0.78	0.465	1890	1717	173

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	SE	40	-0.695	-0.618	-0.141	0.191
2	SE	40	-0.733	-0.594	0.021	0.176
3	SE	40	-0.976	-0.776	0.014	0.154
4	SE	40	-1.109	-0.707	0.22	0.113
5	SE	40	-0.745	-0.527	-0.111	0.134
6	SE	40	-0.769	-0.69	0.111	0.181
7	SE	40	-0.885	-0.509	-0.068	0.126
8	SE	40	-1.181	-0.731	0.02	0.134
9	SE	40	-0.81	-0.401	0.107	0.164
10	SE	40	-0.769	-0.331	0.308	0.134
11	SE	40	-0.883	-0.375	-0.075	0.164
12	SE	40	-1.11	-0.843	0.072	0.117
13	SE	40	-0.933	-0.762	0.184	0.12
14	SE	40	-0.687	-0.443	0.178	0.126
15	SE	40	-0.672	-0.572	0.068	0.1
16	SE	40	-0.954	-0.822	0.249	0.141
17	SE	40	-0.988	-0.666	0.267	0.074
18	SE	40	-0.634	-0.539	-0.359	0.037
19	SE	40	-0.989	-0.476	-0.324	0.076
20	SE	40	-0.618	-0.585	-0.105	0.091

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.97-19.95	0.419	0.418	0.419	1174	230	944
5.08-6.97	0.385	0.415	0.38	1863	236	1627
4.2-5.08	0.303	0.314	0.301	2328	231	2097
3.65-4.2	0.243	0.24	0.244	1580	163	1417
3.28-3.65	0	0	0		0	0

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.75 / 反射: 11105 / Reflection acentric: 9950 / Reflection centric: 1155

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.4-19.952	0.92	0.93	0.91	466	350	116
5.9-9.4	0.83	0.83	0.84	1511	1289	222
4.7-5.9	0.78	0.78	0.78	1877	1663	214
4.1-4.7	0.75	0.75	0.81	1886	1705	181
3.5-4.1	0.58	0.58	0.67	3329	3055	274
3.3-3.5	0.36	0.35	0.49	2036	1888	148

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
BP3		位相決定
RESOLVE	2.11	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.756→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / WR_factor R_free: 0.293 / WR_factor R_work: 0.239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.746 / SU B: 31.264 / SU ML: 0.354 / SU R Cruickshank DPI: 0.804 / SU R_free: 0.394 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.778 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	927	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.243	18174	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.7 Å² / B_iso mean: 68.225 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.756→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3581	0	10	40	3631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.963	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	15.983	5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.169	23.19	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.914	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.861	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.267	1.5	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.507	2	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.899	3	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.379	4.5	1336

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	510	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	B	510	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	C	510	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	D	510	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	E	510	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	510	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	B	510	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	C	510	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	D	510	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	E	510	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	A	126	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	A	126	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	C	147	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	147	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
4	A	76	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	B	76	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	E	76	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	A	76	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
4	B	76	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
4	E	76	TIGHT THERMAL	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.756→2.827 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	62	-
R_work	0.365	1231	-
all	-	1293	-
obs	-	-	97.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.485	4.9958	1.6555	6.4826	1.4032	1.6667	-0.004	0.028	-0.7534	-0.5921	0.4738	-1.5499	0.5053	0.2228	-0.4697	-0.0434	0.0619	0.0569	0.0419	0.0083	-0.1055	-17.1324	19.6558	5.0484
2	9.4663	-0.7279	-2.4009	1.5047	-0.5303	1.8782	0.1293	0.4134	1.0947	-0.0688	0.1709	0.0539	-0.5156	0.1332	-0.3001	0.0624	-0.032	0.0241	-0.0202	-0.0512	-0.0679	-69.3064	38.1736	-1.0479
3	6.6553	3.6863	-0.3234	9.4773	-2.265	2.2236	-0.1173	0.1337	0.7177	-0.1286	0.2891	0.6977	-0.1494	-0.2678	-0.1719	-0.0808	0.0085	-0.0083	-0.1524	0.0045	-0.2258	-40.2479	1.7076	5.1113
4	9.7702	-0.5982	1.4142	2.4901	0.7972	2.5214	0.0977	0.3088	-0.2957	-0.104	0.0335	0.2433	0.1845	-0.1749	-0.1311	-0.0614	-0.0544	0.0331	-0.119	0.0182	-0.31	-40.9046	30.8742	-2.1329
5	6.7732	-2.1148	0.7716	9.372	0.9252	4.044	0.4632	0.4332	0.5819	-0.477	-0.2157	0.9135	-0.3706	-0.7872	-0.2475	-0.0463	0.0195	0.0473	0.1012	0.1018	-0.0792	-62.1983	-13.3277	13.6781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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