PDB-3gza: Crystal structure of putative alpha-L-fucosidase (NP_812709.1) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gza

タイトル

Crystal structure of putative alpha-L-fucosidase (NP_812709.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.60 A resolution

要素

putative alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / NP_812709.1 / putative alpha-L-fucosidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative alpha-L-fucosidase (NP_812709.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gza.cif.gz	217 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gza.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gza_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gza_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	3gza_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3gza_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gza	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6iy0-d 2pkd-d 5wb2-d 5w08-5 6tmr-d 2bvu-d 1grw-d 5w08-2 6h2e-d 5w08-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 393043

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative alpha-L-fucosidase

B: putative alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.052, 81.532, 111.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	23 - 460
2	1	1	6	B	23 - 460

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	putative alpha-L-fucosidase / Putative exported fucosidase 分子量: 50793.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_3798, NP_812709.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A169

-
非ポリマー , 5種, 1246分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 19-460 OF THE TARGET SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.200M sodium citrate, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 8.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97828,0.97916

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97828	1
3	0.97916	1

反射

解像度: 1.6→28.072 Å / Num. obs: 133836 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 16.908 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.547

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.64	2.9	0.365	2	28854	9900	0.365	100
1.64-1.69	2.9	0.32	2.3	28185	9649	0.32	100
1.69-1.74	2.9	0.27	2.7	27582	9414	0.27	100
1.74-1.79	2.9	0.217	3.3	26587	9078	0.217	100
1.79-1.85	2.9	0.187	3.8	25916	8823	0.187	100
1.85-1.91	2.9	0.164	4.3	25200	8576	0.164	100
1.91-1.98	2.9	0.14	5	24274	8250	0.14	100
1.98-2.07	2.9	0.114	6	23308	7913	0.114	100
2.07-2.16	3	0.095	7.1	22570	7638	0.095	100
2.16-2.26	3	0.085	7.7	21532	7267	0.085	99.9
2.26-2.39	3	0.081	7.9	20626	6958	0.081	99.9
2.39-2.53	3	0.081	7.4	19336	6515	0.081	99.8
2.53-2.7	3	0.078	7.9	18292	6141	0.078	99.7
2.7-2.92	3	0.067	9.1	17115	5735	0.067	99.6
2.92-3.2	3	0.057	10.4	15815	5266	0.057	99.4
3.2-3.58	3	0.049	12	14359	4757	0.049	99.2
3.58-4.13	3	0.047	12.7	12619	4174	0.047	98.9
4.13-5.06	3	0.052	11.6	10759	3561	0.052	98.7
5.06-7.16	3	0.057	10.9	8218	2731	0.057	98.2
7.16-28.08	3	0.045	14.2	4414	1490	0.045	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.072 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 2.578 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.168	6726	5 %	RANDOM
R_work	0.139	-	-	-
obs	0.14	133835	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.61 Å² / B_iso mean: 28.212 Å² / B_iso min: 8.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6906	0	58	1234	8198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7355
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.942	10021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.283	3	12393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.657	5	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.928	23.801	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.606	15	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.135	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.3	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.3	5800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.5	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.5	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.046	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.078	0.3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.3	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.266	1.5	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.291	2	7160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.101	3	3067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.155	4.5	2829

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5602 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.37	5
LOOSE THERMAL	2.2	10

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	479	-
R_work	0.196	9417	-
all	-	9896	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7626	-0.0195	0.1085	0.4499	0.2049	0.9746	-0.0076	0.1284	-0.0029	-0.0657	0.0054	0.0545	-0.026	-0.1448	0.0022	-0.1705	-0.0028	0.0167	-0.1807	0.0119	-0.1628	61.0028	78.0328	34.8798
2	0.3901	0.0617	0.4061	0.1581	0.2682	1.4419	0.0631	-0.043	-0.0724	0.1114	0.0587	-0.056	0.2145	0.1812	-0.1219	-0.1096	0.0417	-0.0209	-0.1404	-0.0219	-0.1064	94.6591	80.5409	85.4225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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