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- PDB-3gyx: Crystal structure of adenylylsulfate reductase from Desulfovibrio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gyx
タイトルCrystal structure of adenylylsulfate reductase from Desulfovibrio gigas
要素(Adenylylsulfate Reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Adenylylsulfate Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyl-sulfate reductase / dissimilatory sulfate reduction / adenylyl-sulfate reductase activity / protein heterotetramerization / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein heterodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal domain / Adenylylsulphate reductase, beta subunit / Adenylylsulphate reductase, alpha subunit / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal / APS reductase, beta subunit, C-terminal domain superfamily / Adenosine-5'-phosphosulfate reductase beta subunit / 4Fe-4S dicluster domain / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal domain / Adenylylsulphate reductase, beta subunit / Adenylylsulphate reductase, alpha subunit / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal / APS reductase, beta subunit, C-terminal domain superfamily / Adenosine-5'-phosphosulfate reductase beta subunit / 4Fe-4S dicluster domain / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Other non-globular / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Adenylylsulfate reductase subunit alpha / Adenylylsulfate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chiang, Y.-L. / Hsieh, Y.-C. / Liu, E.-H. / Liu, M.-Y. / Chen, C.-J.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Adenylylsulfate reductase from Desulfovibrio gigas suggests a potential self-regulation mechanism involving the C terminus of the beta-subunit
著者: Chiang, Y.-L. / Hsieh, Y.-C. / Fang, J.-Y. / Liu, E.-H. / Huang, Y.-C. / Chuankhayan, P. / Jeyakanthan, J. / Liu, M.-Y. / Chan, S.I. / Chen, C.-J.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylylsulfate Reductase
B: Adenylylsulfate Reductase
C: Adenylylsulfate Reductase
D: Adenylylsulfate Reductase
E: Adenylylsulfate Reductase
F: Adenylylsulfate Reductase
G: Adenylylsulfate Reductase
H: Adenylylsulfate Reductase
I: Adenylylsulfate Reductase
J: Adenylylsulfate Reductase
K: Adenylylsulfate Reductase
L: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,48430
ポリマ－557,55112
非ポリマー8,93318
水1,24369
1
A: Adenylylsulfate Reductase
B: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
2
C: Adenylylsulfate Reductase
D: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31330 Å2
手法PISA
3
E: Adenylylsulfate Reductase
F: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area31820 Å2
手法PISA
4
G: Adenylylsulfate Reductase
H: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
5
I: Adenylylsulfate Reductase
J: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
6
K: Adenylylsulfate Reductase
L: Adenylylsulfate Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4145
ポリマ－92,9252
非ポリマー1,4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area31330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.629, 199.629, 317.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Adenylylsulfate Reductase


分子量: 74578.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: T2G6Z9*PLUS
#2: タンパク質
Adenylylsulfate Reductase


分子量: 18346.967 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: T2G899*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Tris, 1M guanidine hydrochloride, 0.2M sodium chloride, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 132767 / Num. obs: 122146 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 3.64 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 12375 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JNR

1jnr


解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 19.909 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 5 / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24497 5561 5 %RANDOM
Rwork0.19226 ---
obs0.1949 105084 91.68 %-
all-112993 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39054 0 414 69 39537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02240580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.96854996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2354956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91323.7251836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.123156768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5815270
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.25724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0230936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.220208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.227466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2241.525351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.406239480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.394317981
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6234.515372
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 398 -
Rwork0.275 7755 -
obs--93.31 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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