PDB-3gyg: Crystal structure of yhjK (haloacid dehalogenase-like hydrolase p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gyg

タイトル

Crystal structure of yhjK (haloacid dehalogenase-like hydrolase protein) from Bacillus subtilis

要素

NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB

キーワード

HYDROLASE / PF05116 / PF08282 / MCSG / PSI-2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Antibiotic biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

kanosamine-6-phosphate phosphatase / phosphatase activity / antibiotic biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Nocek, B. / Stein, A. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of yhjK (haloacid dehalogenase-like hydrolase protein) from Bacillus subtilis
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	3gyg_full_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示
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リンク

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登録構造単位

A: NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB

B: NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB

C: NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB

D: NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.077, 111.732, 135.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NTD biosynthesis operon putative hydrolase ntdB 分子量: 33749.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: ntdB, yhjK, BSU10540 / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: O07565
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化	温度: 291 K 詳細: 0.2 Mg Acetate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 38331 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 60.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 22.819 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.99 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	1919	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.214	36261	93.4 %	-
all	-	38180	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8349	0	4	81	8434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.949	11500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.858	3	13931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.423	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.716	25.649	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.746	15	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.233	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.404	1.5	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	1.5	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.785	2	8288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.281	3	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	4.5	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	141	-
R_work	0.252	2573	-
obs	-	-	91.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7095	0.7404	-1.2088	3.4559	-1.5791	6.6331	-0.1213	-0.1527	-0.0341	0.2145	0.0623	0.3009	0.2087	-0.6266	0.059	0.1844	0.0146	-0.0057	0.1819	-0.0545	0.1362	77.7243	96.3402	37.8737
2	3.9867	-0.28	-0.2021	2.6194	0.0601	0.2844	0.0888	0.3885	0.1866	-0.0241	-0.0871	0.0923	-0.1247	-0.2465	-0.0017	0.1433	0.0664	-0.0364	0.2914	0.0157	0.0711	75.9233	107.253	25.8476
3	9.0743	1.1814	-1.1954	1.3464	-0.9249	0.6815	0.0562	0.3813	-0.1033	-0.0157	0.0817	0.1896	0.006	-0.1681	-0.1379	0.2282	0.0049	-0.0192	0.3886	-0.0362	0.2035	68.9474	97.4666	20.5399
4	4.1518	-1.4294	-0.6918	4.0198	2.4951	7.3902	0.1183	0.3097	-0.2409	-0.3852	-0.2095	-0.0851	0.0271	0.1615	0.0912	0.1223	-0.0135	0.0006	0.2496	0.0044	0.0948	82.6996	101.1291	25.3789
5	3.9482	5.4716	1.6391	8.8519	2.519	1.5874	0.0234	-0.1843	0.192	0.3091	-0.0766	0.3541	0.2082	-0.2367	0.0532	0.226	0.0086	0.0169	0.303	-0.0001	0.2438	67.5345	104.9551	37.0273
6	2.6836	0.2762	0.0254	1.2849	-1.1117	1.2943	0.0177	0.1343	0.036	-0.1849	0.0594	0.0804	0.0372	-0.1039	-0.0771	0.1485	0.0259	-0.0064	0.2469	0.0051	0.0828	77.805	103.2397	35.2989
7	1.7536	1.6679	1.5175	1.8978	1.5588	5.4445	-0.0861	0.0942	-0.0155	-0.2614	0.0629	-0.2655	-0.1988	0.3694	0.0233	0.149	0.0055	0.0953	0.2513	0.0047	0.256	85.7731	109.464	42.3304
8	4.4329	-3.5149	1.4701	5.4297	0.3744	1.4039	-0.42	-0.2305	0.5886	0.6202	0.4825	-0.7854	-0.0272	0.1602	-0.0625	0.4971	-0.0146	0.1388	0.3654	-0.0952	0.3691	79.2834	128.4294	51.1556
9	3.4872	4.1148	0.7326	9.2996	-2.1104	2.5959	0.1164	-0.1299	0.2194	0.0343	-0.329	-0.3334	-0.3621	-0.1792	0.2126	0.5095	0.2391	0.2099	0.3408	0.0213	0.4457	65.7594	133.4704	52.9871
10	3.3703	1.4641	1.5168	8.0493	-3.4739	4.1856	-0.2318	0.1078	0.3701	-0.3561	0.4529	0.4057	-0.0943	-0.4412	-0.2211	0.2862	0.1007	0.1058	0.2474	-0.0023	0.2725	63.4524	129.2707	46.4864
11	3.9911	0.2037	-2.897	0.0912	-0.1361	2.1146	-0.1368	0.243	0.1797	-0.1828	0.1761	0.1082	0.0578	-0.2079	-0.0393	0.74	0.0018	-0.1606	0.4942	0.0622	0.5929	71.6218	128.5323	42.857
12	3.0484	1.4743	-0.2755	0.7926	0.1302	0.9928	0.2835	-0.0322	0.3608	0.0888	-0.136	0.1235	-0.041	-0.3891	-0.1476	0.2586	0.0894	0.0756	0.3418	0.0545	0.3689	63.8818	122.5439	44.0162
13	5.4388	-0.4532	4.9906	0.3143	-1.5808	9.503	-0.2849	-0.1569	0.574	0.0492	0.0579	0.0151	-0.4138	-0.3384	0.227	0.1987	0.0028	0.0366	0.2073	0.0216	0.1716	85.7922	116.4532	31.7462
14	6.839	-0.4497	1.5103	2.9647	-3.0037	8.5789	-0.0224	0.2846	0.2276	-0.219	-0.1165	-0.2474	-0.3232	0.4136	0.139	0.1927	0.0004	0.0049	0.2162	-0.0122	0.232	92.2369	112.1034	26.3121
15	6.9484	1.3533	0.6876	5.9496	1.0619	1.0741	0.0709	0.3098	0.5461	-0.3717	-0.1637	0.2061	-0.3685	-0.1946	0.0927	0.2159	0.1204	-0.0178	0.2865	0.0779	0.0673	73.3441	116.4086	19.4867
16	9.2393	2.8191	-1.1161	9.0788	4.6622	5.1563	-0.2292	0.5162	-0.4747	-0.2571	0.2151	0.1416	0.3501	0.2201	0.0141	0.1719	0.0484	-0.0293	0.2976	0.0143	0.1385	76.1491	104.0709	15.2108
17	3.2685	-4.5741	-2.2594	7.3712	5.8463	9.0081	0.1987	0.0684	-0.4528	-0.0624	-0.0287	0.4664	0.4424	0.042	-0.17	0.2307	0.0137	-0.0097	0.4473	-0.0074	0.3154	83.399	101.3859	13.3535
18	1.364	3.9446	-0.806	11.4889	-1.4061	11.6065	0.0777	-0.0446	-0.1596	0.2577	-0.062	-0.4627	0.3201	0.3712	-0.0157	0.2629	0.0887	-0.0097	0.3849	-0.044	0.2658	115.616	112.2911	42.6326
19	2.7319	2.0551	2.2697	6.7632	0.8554	2.4857	0.0208	0.5058	0.0833	-0.1486	0.0618	-0.1114	-0.1267	0.2636	-0.0826	0.2255	0.0752	0.0005	0.2795	0.0192	0.2405	109.0825	106.4714	33.3267
20	3.8288	0.8307	-1.1905	2.4867	-0.3922	1.7711	-0.0997	-0.0833	-0.3777	-0.0208	0.0069	0.1024	0.138	-0.0087	0.0928	0.134	0.0143	-0.0215	0.116	-0.0575	0.2064	109.8387	91.7735	37.8622
21	9.2862	0.5656	4.1831	5.7251	-0.7435	7.6602	0.0177	0.5077	-0.0777	-0.5657	-0.1156	-0.4463	0.43	0.5769	0.0978	0.1713	0.0383	0.0721	0.2811	-0.049	0.2551	122.8971	90.8161	26.3598
22	8.9614	-2.4366	-1.5936	2.1994	-0.4142	3.6928	0.1053	0.3333	-0.1089	-0.1537	-0.0926	0.2093	0.1158	-0.2992	-0.0127	0.2036	-0.0091	-0.031	0.1859	-0.0659	0.1956	105.8877	95.012	27.5743
23	7.7561	2.825	3.86	4.0804	1.378	6.2994	-0.1401	-0.1011	0.0689	0.2445	0.1555	-0.3477	-0.2028	0.1587	-0.0154	0.1461	0.0363	-0.0096	0.0412	-0.0745	0.2636	116.6125	99.0828	41.4903
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65	6.0318	-3.5684	-2.4427	2.1927	0.6643	10.4087	-0.2085	-0.2147	-0.4746	0.1627	0.2228	0.312	0.4173	0.0761	-0.0143	0.3298	0.1029	-0.0175	0.3622	0.04	0.216	87.8396	97.2021	59.9816
66	5.6964	2.9463	-2.933	4.8271	0.2553	2.8217	0.0877	0.0548	-0.0552	0.6247	0.1717	-0.1594	0.6506	0.0605	-0.2594	0.5718	0.0791	-0.1896	0.3165	0.0366	0.2123	85.7634	97.7891	67.5821
67	0.5228	-0.886	1.0653	6.407	-0.5021	3.0756	0.1067	-0.3785	-0.1492	0.7809	0.122	0.5048	0.6115	-0.4045	-0.2287	0.5555	-0.0684	0.0897	0.7822	0.0945	0.2018	75.8403	97.5973	77.1323
68	10.2873	7.1194	2.6402	5.7176	-0.0316	5.0569	0.1257	-0.221	0.2487	0.2582	-0.1759	0.163	-0.3174	-0.0339	0.0502	0.3642	0.0352	-0.0087	0.4075	-0.0695	0.2454	84.4579	110.042	78.4957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	66 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	103 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	115 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	131 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	146 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	176 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	187 - 209
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	210 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	218 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	227 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	270 - 277
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	278 - 283
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	-2 - 3
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	4 - 16
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	17 - 32
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	33 - 42
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	43 - 59
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	60 - 75
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	76 - 86
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	87 - 95
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	96 - 103
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	104 - 114
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	115 - 209
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	210 - 217
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	218 - 238
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	239 - 253
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	254 - 268
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	269 - 278
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	279 - 284
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	-2 - 16
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	17 - 28
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	29 - 41
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	42 - 64
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	65 - 82
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	83 - 103
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	104 - 114
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	115 - 132
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	133 - 152
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	153 - 177
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	178 - 197
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	198 - 210
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	211 - 217
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	218 - 231
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	232 - 251
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	252 - 269
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	270 - 280
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	-2 - 16
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	17 - 24
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67	X-RAY DIFFRACTION	67	D	243 - 269
68	X-RAY DIFFRACTION	68	D	270 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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