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- PDB-3gxx: Structure of the SH2 domain of the Candida glabrata transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gxx
タイトルStructure of the SH2 domain of the Candida glabrata transcription elongation factor Spt6, crystal form B
要素Transcription elongation factor SPT6
キーワードTRANSCRIPTION / SH2-fold / three stranded anti-parallel beta sheet / N-terminal alpha helix / C-terminal alpha helix / Nucleus / SH2 domain / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / nucleosome assembly ...carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / nucleosome assembly / histone binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 ...: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RuvA domain 2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dengl, S. / Mayer, A. / Sun, M. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and in vivo requirement of the yeast Spt6 SH2 domain
著者: Dengl, S. / Mayer, A. / Sun, M. / Cramer, P.
履歴
登録2009年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor SPT6
B: Transcription elongation factor SPT6
C: Transcription elongation factor SPT6
D: Transcription elongation factor SPT6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7064
ポリマ－49,7064
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Transcription elongation factor SPT6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4271
ポリマ－12,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription elongation factor SPT6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4271
ポリマ－12,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription elongation factor SPT6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4271
ポリマ－12,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription elongation factor SPT6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4271
ポリマ－12,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 71.600, 87.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6


分子量: 12426.574 Da / 分子数: 4 / 断片: SH2 domain / 変異: L1309M, L1317M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0L04774g, SPT6 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23 (DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q6FLB1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM bicine pH 8.0, 4,3 M NaCl and 5 mM Tris(2-Carboxyethyl) phosphine Hydro-chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97971 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 18513 / Num. obs: 18513 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 45.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GXW

3gxw


解像度: 2.4→18.7 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 999 random
Rwork0.253 --
all-18513 -
obs-18513 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→18.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 0 73 3219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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