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万見
- PDB-3gwz: Structure of the Mitomycin 7-O-methyltransferase MmcR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gwz
タイトルStructure of the Mitomycin 7-O-methyltransferase MmcR
要素MmcR
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Mitomycin / MmcR / S-adenosyl methionine (S-アデノシルメチオニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitomycin 6-O-methyltransferase / quinone biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / メチル化
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Mitomycin biosynthesis 6-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lavendulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Singh, S. / Chang, A. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Thorson, J.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of the mitomycin 7-O-methyltransferase.
著者: Singh, S. / Chang, A. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Gruschow, S. / Sherman, D.H. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MmcR
D: MmcR
C: MmcR
B: MmcR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,46816
ポリマ－160,2974
非ポリマー2,17112
水15,691871
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MmcR
B: MmcR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1947
ポリマ－80,1492
非ポリマー1,0455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
3
D: MmcR
C: MmcR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2749
ポリマ－80,1492
非ポリマー1,1257
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.372, 98.918, 171.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MmcR


分子量: 40074.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア)
遺伝子: mmcR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9X5T6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/ml MmcR Protein, 0.05 M NaCl, 0.02 M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (10% PEG4K, 15% MPD, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0) Cryoprotected with 25% ...詳細: Protein solution (10 mg/ml MmcR Protein, 0.05 M NaCl, 0.02 M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (10% PEG4K, 15% MPD, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0) Cryoprotected with 25% ethylene glycol, 10% PEG4K, 15% MPD, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945,0.96421
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.964211
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 115235 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 11.545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.91-1.989.20.572.428101690.96987.9
1.98-2.0612.20.477113661.00298.1
2.06-2.1513.20.361114901.04599.6
2.15-2.2613.60.278115951.00499.9
2.26-2.41140.217115871.03499.9
2.41-2.5914.30.175116221.055100
2.59-2.8514.50.138116981.08100
2.85-3.2714.90.095116931.028100
3.27-4.11150.075118050.986100
4.11-5014.60.055122101.064100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.91 Å / 最低解像度: 43.13 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_1001066038489
ANO_10.8370.9771053830
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_18.4-43.13001109421
ISO_15.99-8.4002091427
ISO_14.91-5.99002749428
ISO_14.26-4.91003332439
ISO_13.81-4.26003767425
ISO_13.48-3.81004179441
ISO_13.23-3.48004598432
ISO_13.02-3.23004922432
ISO_12.85-3.02005219431
ISO_12.7-2.85005590434
ISO_12.58-2.7005867439
ISO_12.47-2.58006105424
ISO_12.37-2.47006448438
ISO_12.28-2.37006661428
ISO_12.21-2.28006905430
ISO_12.14-2.21007176434
ISO_12.07-2.14007373415
ISO_12.02-2.07007558412
ISO_11.96-2.02007646402
ISO_11.91-1.96007308357
ANO_18.4-43.130.4243.01411090
ANO_15.99-8.40.3953.32720910
ANO_14.91-5.990.4383.02127490
ANO_14.26-4.910.5572.38733320
ANO_13.81-4.260.5972.15937670
ANO_13.48-3.810.6112.02441790
ANO_13.23-3.480.6361.86745980
ANO_13.02-3.230.6291.75149220
ANO_12.85-3.020.6811.55552190
ANO_12.7-2.850.7461.30755900
ANO_12.58-2.70.7891.09558670
ANO_12.47-2.580.8350.92861050
ANO_12.37-2.470.8730.80664460
ANO_12.28-2.370.9070.6666570
ANO_12.21-2.280.9330.56668950
ANO_12.14-2.210.9510.4971570
ANO_12.07-2.140.9610.43772880
ANO_12.02-2.070.9750.38573870
ANO_11.96-2.020.980.36573250
ANO_11.91-1.960.990.35367000
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-3.711-97.509-30.375SE31.041.72
2-9.16-70.873-70.627SE24.581.69
3-3.427-35.955-148.955SE25.251.75
4-22.285-4.342-14.001SE26.881.67
5-15.659-56.025-82.281SE15.31.32
6-11.39-10.854-43.823SE18.781.4
7-19.231-10.662-86.624SE20.561.39
8-13.475-54.377-84.694SE23.491.16
9-12.496-47.334-135.261SE19.041.22
10-10.951-50.475-132.217SE39.771.37
11-15.941-12.212-86.005SE38.311.24
12-7.631-94.768-45.338SE48.381.48
13-12.706-70.783-85.717SE33.231.09
14-15.958-94.469-84.592SE34.91.18
15-4.87-33.998-133.496SE39.831.08
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 115091
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
10.36-10068.70.676831
7.33-10.3662.60.9041424
5.98-7.3360.90.8921824
5.18-5.9861.70.8992106
4.63-5.1856.50.9222402
4.23-4.6357.30.9272614
3.92-4.2358.90.9262844
3.66-3.9261.10.9193021
3.45-3.6658.60.9173252
3.28-3.4561.60.9113362
3.12-3.2861.80.9053589
2.99-3.1261.50.9033737
2.87-2.9962.90.8983861
2.77-2.8764.50.9014028
2.68-2.7764.50.8994119
2.59-2.6866.50.8934354
2.51-2.5966.90.8994422
2.44-2.5168.70.9024556
2.38-2.4469.60.8984652
2.32-2.3871.10.8954848
2.26-2.3274.20.8984902
2.21-2.2675.40.8974978
2.16-2.2175.10.8955212
2.12-2.1677.40.8935257
2.07-2.1278.90.895341
2.03-2.0781.20.8855446
1.99-2.0380.90.8755472
1.96-1.9983.80.855452
1.91-1.96840.797185

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→19.653 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 5763 5.01 %
Rwork0.174 --
obs0.176 114971 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.348 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.92 Å2 / Biso mean: 23.386 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.051 Å20 Å2-0 Å2
2--0.037 Å20 Å2
3----0.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→19.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10296 0 140 871 11307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d114679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1813901
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.91-1.9340.3331600.2533142330287
1.934-1.9570.271710.2263402357393
1.957-1.980.271760.2053505368196
1.98-2.0060.2541720.2053556372897
2.006-2.0320.2751900.1913533372399
2.032-2.060.2372090.1873643385299
2.06-2.0890.2581860.1873596378299
2.089-2.120.2491730.18636523825100
2.12-2.1530.2661810.17836553836100
2.153-2.1890.2361860.17136453831100
2.189-2.2260.1981970.17136333830100
2.226-2.2670.2331860.1836843870100
2.267-2.310.2352000.17336163816100
2.31-2.3570.2481860.1736763862100
2.357-2.4080.2231860.17136853871100
2.408-2.4640.2041890.16936283817100
2.464-2.5260.2162120.16636373849100
2.526-2.5940.2112160.16636363852100
2.594-2.670.2061950.17136823877100
2.67-2.7560.2352140.17236493863100
2.756-2.8550.231710.17936953866100
2.855-2.9680.2172230.17736453868100
2.968-3.1030.2251740.17637113885100
3.103-3.2660.2151910.17637063897100
3.266-3.470.1861960.16636903886100
3.47-3.7360.1811910.15737273918100
3.736-4.1090.172170.1537023919100
4.109-4.6960.1552130.1437443957100
4.696-5.890.1952150.17537763991100
5.89-19.6540.1691870.16939574144100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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