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- PDB-3gw2: Crystal structure of possible transcriptional regulatory protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gw2
タイトルCrystal structure of possible transcriptional regulatory protein (fragment 1-100) from Mycobacterium bovis. Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E.
要素Possible transcriptional regulatory arsR-family protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / MbR242E / Q7U294 / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / Transferase
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible transcriptional regulatory arsR-family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8401
ポリマ－11,8401
非ポリマー00
水34219
1
A: Possible transcriptional regulatory arsR-family protein

A: Possible transcriptional regulatory arsR-family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6802
ポリマ－23,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.090, 91.090, 62.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Possible transcriptional regulatory arsR-family protein


分子量: 11840.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 株: AF2122/97 / 遺伝子: Mb0332 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7U294
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl pH 7.5. Reservoir solution: 22% PEG 4000, 0.1M Bis-Tris pH 7.2, 0.1M NH4H2PO4, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97900, 0.97928, 0.96785
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979281
30.967851
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16969 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 27.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 62.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 27.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.635 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 442 4.9 %RANDOM
Rwork0.23828 ---
obs0.23892 9076 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数697 0 0 19 716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.976941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.626592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59722.81232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36115126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5791510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8771.5471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2142715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9263252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0184.5226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 37 -
Rwork0.234 579 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.2267 Å / Origin y: 29.8025 Å / Origin z: 28.5716 Å
111213212223313233
T-0.0861 Å20.1409 Å2-0.0158 Å2--0.0334 Å2-0.0807 Å2---0.1467 Å2
L7.7357 °2-5.1294 °22.1532 °2-5.6 °2-1.6293 °2--4.1661 °2
S0.5727 Å °0.6913 Å °-0.3335 Å °-0.4335 Å °-0.5975 Å °0.3723 Å °-0.0746 Å °-0.1417 Å °0.0248 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A109 - 127
2X-RAY DIFFRACTION1A7 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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