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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gw2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of possible transcriptional regulatory protein (fragment 1-100) from Mycobacterium bovis. Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E. | ||||||
要素 | Possible transcriptional regulatory arsR-family protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / MbR242E / Q7U294 / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / Transferase | ||||||
機能・相同性 | Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium bovis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E 著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gw2.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gw2.ent.gz | 20.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gw2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gw2_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gw2_full_validation.pdf.gz | 427.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gw2_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gw2_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gw2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11840.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 株: AF2122/97 / 遺伝子: Mb0332 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7U294 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl pH 7.5. Reservoir solution: 22% PEG 4000, 0.1M Bis-Tris pH 7.2, 0.1M NH4H2PO4, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97900, 0.97928, 0.96785 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16969 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 27.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 62.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 27.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.635 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.778 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.2267 Å / Origin y: 29.8025 Å / Origin z: 28.5716 Å
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精密化 TLSグループ |
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