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- PDB-3gvm: Structure of the homodimeric WXG-100 family protein from Streptoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gvm
タイトルStructure of the homodimeric WXG-100 family protein from Streptococcus agalactiae
要素Putative uncharacterized protein SAG1039
キーワードVIRAL PROTEIN / WXG motif / Four-helical bundle
機能・相同性ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein SAG1039
機能・相同性情報
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Poulsen, C. / Gries, F. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: WXG100 protein superfamily consists of three subfamilies and exhibits an alpha-helical C-terminal conserved residue pattern.
著者: Poulsen, C. / Panjikar, S. / Holton, S.J. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
履歴
登録2009年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein SAG1039
B: Putative uncharacterized protein SAG1039
C: Putative uncharacterized protein SAG1039
D: Putative uncharacterized protein SAG1039


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3554
ポリマ－43,3554
非ポリマー00
水8,323462
1
A: Putative uncharacterized protein SAG1039
B: Putative uncharacterized protein SAG1039


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6782
ポリマ－21,6782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein SAG1039
D: Putative uncharacterized protein SAG1039


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6782
ポリマ－21,6782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.100, 132.530, 43.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein SAG1039 / SAG1039


分子量: 10838.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
株: 2603V/R / 遺伝子: SAG1039 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q8DZR0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.9M (NH4)SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11
シンクロトロンESRF ID2920.97921
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2008年8月2日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2008年7月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double channel-cut Si (111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979211
Reflection数: 138669 / Rmerge(I) obs: 0.04 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 50045 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
11.195050988.510.024
7.9111.19100796.110.022
6.467.91132697.610.026
5.66.46157498.110.032
55.6176796.610.031
4.575193097.110.027
4.234.57210996.910.029
3.964.23226197.810.03
3.733.9625049810.032
3.543.73257998.310.033
3.373.54270198.810.035
3.233.37290898.910.039
3.13.23295498.910.043
2.993.1311498.710.051
2.892.99320699.110.06
2.82.89339899.210.074
2.712.8341299.210.083
2.642.71355598.810.102
2.572.64358198.710.112
2.52.57365094.710.131
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 43035 / Num. obs: 43011 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 31.776 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. measured obs: 19300 / Num. unique all: 3130 / Num. unique obs: 3128 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→46.957 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.871 / SU ML: -0 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 2150 5 %
Rwork0.183 --
obs0.185 42997 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.188 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.94 Å2 / Biso mean: 30.376 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.719 Å2-0 Å20 Å2
2---4.456 Å2-0 Å2
3---6.175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2984 0 0 462 3446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8864132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9881130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.2591400.2126672807100
2.2-2.2550.2531400.226612801100
2.255-2.3160.2521420.19126902832100
2.316-2.3840.2231410.18726882829100
2.384-2.4610.2061430.17926982841100
2.461-2.5490.2321410.18526902831100
2.549-2.6510.2241410.19326842825100
2.651-2.7720.2561430.20527052848100
2.772-2.9180.2651440.21827322876100
2.918-3.1010.191420.20327092851100
3.101-3.340.2191430.18127132856100
3.34-3.6760.21440.16527352879100
3.676-4.2080.191440.15427452889100
4.208-5.30.1831470.15528012948100
5.3-46.9680.2031550.1942929308499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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