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- PDB-3guh: Crystal Structure of Wild-type E.coli GS in complex with ADP and DGM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3guh
タイトルCrystal Structure of Wild-type E.coli GS in complex with ADP and DGM
要素Glycogen synthase
キーワードTRANSFERASE / glycosyl-transferase / GT-B fold / Rossmann fold / closed-form / ADP and intermediate D-glucopyranosylium binding / Glycogen biosynthesis / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (glycosyl-transferring) / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (ADP-glucose donor) activity / : / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen biosynthetic process / DNA damage response / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-250 / ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,5-anhydro-D-glucitol / Chem-PE3 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Sheng, F. / Geiger, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structures of the Open and Catalytically Competent Closed Conformation of Escherichia coli Glycogen Synthase.
著者: Sheng, F. / Jia, X. / Yep, A. / Preiss, J. / Geiger, J.H.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1998
ポリマ－53,9511
非ポリマー2,2477
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.841, 125.841, 153.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glycogen synthase / Starch [bacterial glycogen] synthase


分子量: 53951.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b3429, glgA, JW3392 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A6U8, starch synthase (glycosyl-transferring)
#4: 糖 ChemComp-ASO / 1,5-anhydro-D-glucitol / 1,5-ANHYDROSORBITOL / 1,5-アンヒドログルシト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
D-1-deoxy-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 215分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-250 / (2R)-2-hydroxy-3-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]propane-1-sulfonic acid


分子量: 268.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20N2O5S
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE ASO SPECIES IN THIS PDB ENTRY DOES NOT HAVE HYDROGEN ATOM ON C1, THEREFORE IT IS POSITIVELY ...THE ASO SPECIES IN THIS PDB ENTRY DOES NOT HAVE HYDROGEN ATOM ON C1, THEREFORE IT IS POSITIVELY CHARGED AND THE PARTIAL PLANARITY IS MAINTAINED AMONG C2C1O5C5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 40% (w/v) PEG 4000, 0.2 M NaAc, 0.1 M HEPPSO, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→97.13 Å / Num. all: 29589 / Num. obs: 29543 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.91 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 1.976 / Net I/σ(I): 23.996
反射 シェル解像度: 2.79→2.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique all: 2740 / Χ2: 0.511 / % possible all: 92.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.349 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.744
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.93 Å
Translation3 Å29.93 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RZU

1rzu


解像度: 2.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.184 / WRfactor Rwork: 0.156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.861 / SU B: 7.902 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.287 / SU Rfree: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1478 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 29120 98.42 %-
all-29589 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.93 Å2 / Biso mean: 40.525 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 111 209 4055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0213943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2761.9775346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0295476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.34622.849179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.50415594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5521530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.52369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80323773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74331574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3114.51573
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.864 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 118 -
Rwork0.302 1694 -
all-1812 -
obs-574948 82.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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