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- PDB-3gue: Crystal Structure of UDP-glucose phosphorylase from Trypanosoma B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gue
タイトルCrystal Structure of UDP-glucose phosphorylase from Trypanosoma Brucei, (Tb10.389.0330)
要素UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / TRYPANOSOMA BRUCEI / phosphatase / UDP / glucose / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / glycosome / ciliary plasm / nuclear lumen / glycogen metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex ...UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Marino, K. / Lin, Y.H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Marino, K. / Lin, Y.H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of UDP-glucose phosphorylase from Trypanosoma Brucei, (Tb10.389.0330)
著者: Wernimont, A.K. / Marino, K. / Lin, Y.H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...著者: Wernimont, A.K. / Marino, K. / Lin, Y.H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2009年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
B: UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,24018
ポリマ－108,6262
非ポリマー2,61416
水13,205733
1
A: UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5028
ポリマ－54,3131
非ポリマー1,1897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,73810
ポリマ－54,3131
非ポリマー1,4259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.697, 77.485, 112.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2


分子量: 54313.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.389.0330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q388T4, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

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非ポリマー , 6種, 749分子

#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22% PEG3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris, 18% glycerol, 2 mM UDP-glucose, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 97362 / Num. obs: 96096 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.096 / Χ2: 1.451 / Net I/σ(I): 10.452
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique all: 8757 / Rsym value: 0.645 / Χ2: 0.821 / % possible all: 90.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2oeg

2oeg


解像度: 1.92→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / WRfactor Rfree: 0.306 / WRfactor Rwork: 0.256 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.794 / SU B: 8.365 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / SU Rfree: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 4791 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.243 97332 --
obs0.243 96067 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.26 Å2 / Biso mean: 28.157 Å2 / Biso min: 14.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20.45 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7235 0 158 733 8126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5192.00110206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3435933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92824.388335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.275151331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5351550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.23682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24982
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6331.54770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97227442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69333112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4014.52757
LS精密化 シェル解像度: 1.918→1.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 298 -
Rwork0.3 5930 -
all-6228 -
obs--87.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.953-2.22881.59461.0317-0.58711.1047-0.2413-0.0476-0.3140.07470.12740.10450.08940.07120.1139-0.03020.03530.0982-0.1220.03240.092938.6224-19.84355.6097
21.79010.2767-0.2020.814-0.31071.5538-0.06250.173-0.2041-0.16720.0250.10720.2313-0.14430.0375-0.0071-0.0273-0.018-0.0907-0.0253-0.032416.0296-4.70664.4409
34.1606-1.8685-1.19765.2762-0.19463.40490.29260.06340.5352-0.1836-0.1648-0.0535-0.409-0.0978-0.1277-0.0374-0.0486-0.0116-0.1170.0062-0.058228.026813.14476.9623
40.6647-0.8911-0.48233.01661.34831.1090.0086-0.12870.01560.2733-0.0334-0.0874-0.05960.10560.0249-0.0028-0.0022-0.0151-0.02660.0137-0.112433.33725.978914.6035
51.8939-1.1837-1.58941.0240.63731.930.0676-0.2349-0.0819-0.0173-0.1266-0.17010.07090.28720.059-0.0950.03820.0168-0.08140.0314-0.030738.3301-11.70481.5942
62.24880.6523-0.63341.8874-0.17932.64950.0524-0.2590.04470.3043-0.02090.0748-0.0815-0.1299-0.0314-0.06070.01190.0164-0.0649-0.0138-0.110915.4481-1.139313.6279
72.3814-0.80450.72250.9562-0.35364.73740.04980.3358-0.4339-0.1588-0.03540.16580.3104-0.2601-0.0144-0.093-0.05190.01830.0153-0.066-0.048814.4519-8.0455-5.7891
81.9564-0.6829-0.44171.1162-0.39220.7132-0.078-0.0452-0.4169-0.0627-0.04980.05880.10770.01620.1278-0.0461-0.02910.0089-0.0942-0.0014-0.03827.2225-12.88973.419
92.12930.5487-0.6211.7039-0.46715.1894-0.0134-0.0852-0.06650.21520.03970.33540.0234-0.5337-0.0264-0.0573-0.01610.0333-0.05450.0426-0.025116.467710.569-0.3257
104.1228-1.20190.19311.9086-0.16573.32650.02490.2719-0.0722-0.0929-0.00350.0357-0.23860.186-0.0213-0.0165-0.04350.0102-0.0254-0.0038-0.086924.800215.9751-18.913
111.9595-0.2014-0.61841.12310.35340.6943-0.0374-0.20710.38480.01130.0901-0.0291-0.07540.0244-0.0527-0.06680.0031-0.0321-0.04260.0041-0.00361.075517.111545.7537
123.07290.5725-1.66266.3791-2.7614.8264-0.0749-0.3131-0.35220.46630.17910.2074-0.09950.0631-0.1042-0.05210.06510.0671-0.05740.0286-0.13093.768-7.129546.5245
130.88921.1878-0.52716.46460.89614.278-0.08610.30950.3454-0.3917-0.17221.52410.8087-0.9330.25830.1101-0.1606-0.06090.1439-0.06530.1973-5.6036-11.963732.7283
140.4633-0.1826-0.08741.26160.31131.30090.0350.12470.0478-0.06070.0009-0.15750.0690.0655-0.0359-0.0892-0.00660.031-0.08090.0297-0.09847.52964.021539.7713
154.84350.1515-0.35571.22431.20885.4306-0.22440.4953-0.4040.06540.18260.15510.2645-0.52370.0418-0.133-0.07350.02920.0718-0.0084-0.0597-15.76941.409242.3094
162.6001-0.2077-0.55861.1518-0.44693.57650.0099-0.5180.31570.25990.03350.1313-0.5047-0.3114-0.0434-0.02290.0480.0360.0827-0.0552-0.0801-11.469311.410755.8669
172.02620.6650.75591.43910.20661.2584-0.14720.0190.1703-0.04090.02830.0551-0.20750.20540.119-0.0373-0.00460.034-0.0547-0.0065-0.08540.283413.643744.9032
181.5805-0.8051-1.04314.6969-0.46755.6767-0.162-0.0066-0.13780.09070.13480.814-0.1415-0.48720.0272-0.02920.0830.06240.03160.07240.0277-8.5391-5.977551.3792
193.96692.5305-0.18925.6287-0.16244.7611-0.08170.41330.03750.9130.38690.37340.28770.0296-0.30520.21990.17470.0970.07830.0551-0.0591-2.8197-10.964861.7295
200.43361.98950.63869.33762.08524.36770.1794-1.6341-1.23891.37280.2241-0.42220.2101-0.0794-0.40350.47570.0578-0.00560.3073-0.02830.3138-0.8336-16.237873.4546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4A138 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5A182 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6A220 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7A271 - 324
8X-RAY DIFFRACTION8A325 - 377
9X-RAY DIFFRACTION9A378 - 420
10X-RAY DIFFRACTION10A421 - 483
11X-RAY DIFFRACTION11B26 - 93
12X-RAY DIFFRACTION12B94 - 130
13X-RAY DIFFRACTION13B131 - 145
14X-RAY DIFFRACTION14B146 - 240
15X-RAY DIFFRACTION15B241 - 265
16X-RAY DIFFRACTION16B272 - 322
17X-RAY DIFFRACTION17B323 - 377
18X-RAY DIFFRACTION18B378 - 409
19X-RAY DIFFRACTION19B410 - 462
20X-RAY DIFFRACTION20B463 - 482

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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