PDB-3guc: Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with AMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3guc

タイトル

Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with AMPPNP

要素

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

キーワード

TRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / ATP-BINDING / UBL CONJUGATION PATHWAY / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Bacik, J.P. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with AMPPNP
著者: Walker, J.R. / Bacik, J.P. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2009年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3guc.ent.gz	133.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3guc_validation.pdf.gz	772.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3guc_full_validation.pdf.gz	781.7 KB	表示
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CIF形式データ	3guc_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1zfnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t8p-d 4i5b-2 3wfp-7 4czx-d 4mb0-2 1ung-2 2x0j-1 3v3k-1 1pum-d 1uxi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.394, 77.394, 205.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1 / UFM1- ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1 / UFM1-activating enzyme / ThiFP1 分子量: 32165.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q9GZZ9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化	温度: 287 K / pH: 6.2 詳細: 1 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE,0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 34922 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 23.878
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / R_sym value: 0.838 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0063	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZFN

1zfn

解像度: 2.25→40.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 10.761 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25485	1770	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20303	-	-	-
obs	0.20562	33065	99.97 %	-
all	-	34835	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0.48 Å²	0 Å²
2-	-	0.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3525	0	29	128	3682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.962	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.594	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.302	25.38	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.224	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.116	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	2	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.967	3	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.262	4	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.252	5	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	128	-
R_work	0.248	2392	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4028	-2.1937	2.1493	4.1628	1.5846	5.1727	0.0606	-0.945	-0.4068	0.4514	-0.0329	0.5246	0.1163	-0.2544	-0.0277	0.2365	0.0243	-0.0012	0.1878	0.011	0.1902	-44.4526	2.4502	-4.6377
2	2.2155	-1.3552	-1.2855	1.6123	-0.6292	3.3104	0.0209	-0.0346	0.2381	0.0934	-0.0566	-0.2514	-0.1999	0.1912	0.0357	0.1808	0.0625	-0.0032	0.1873	-0.0443	0.124	-39.5091	16.9882	-11.5278
3	1.2067	-0.0286	-0.2937	3.1862	-0.6209	4.5106	0.0893	-0.0653	0.1605	0.2378	0.0296	-0.1656	0.071	0.1873	-0.1189	0.1575	0.0752	-0.0139	0.2159	-0.0294	0.1189	-37.4364	12.4353	-9.7183
4	6.3268	2.3062	4.0962	1.1325	2.5856	7.4142	-0.0594	-0.2491	0.2792	0.0338	0.0225	-0.0379	-0.2814	0.4648	0.0369	0.5299	-0.0009	-0.1025	0.3604	-0.0056	0.5199	-26.6642	24.3203	-16.4518
5	1.606	0.5658	-2.9713	9.9496	1.8137	6.3369	0.2192	-0.6061	-0.0944	0.3074	-0.1419	-0.8886	-0.3501	1.1499	-0.0773	0.3326	-0.0238	-0.0478	0.4513	0.0069	0.3878	-23.992	21.0181	-15.4136
6	3.5182	2.6777	-3.8624	7.5317	-3.4256	4.3195	-0.1043	-0.2983	-0.1004	0.0098	-0.0093	-0.7083	0.1687	0.375	0.1136	0.2071	0.068	-0.0595	0.3371	-0.0304	0.245	-28.0334	12.5096	-9.5697
7	0.632	-0.4981	-0.13	2.7809	-1.6784	3.8015	-0.0169	0.0468	0.0234	-0.065	-0.1429	-0.4263	0.0242	0.4084	0.1598	0.1792	0.0852	0.0045	0.1877	-0.0168	0.1169	-35.9116	13.4486	-23.2923
8	3.7753	-0.4259	-1.1034	7.8033	-3.5773	5.3577	-0.069	-0.1646	-0.2479	-0.1657	0.0805	0.0686	0.3607	-0.1763	-0.0115	0.2116	0.1093	-0.0115	0.1274	-0.0306	0.1179	-42.6381	5.4984	-22.3318
9	1.7128	-0.3508	0.9091	0.5602	-0.043	3.0064	-0.0663	0.094	0.1425	0.0437	0.0484	-0.3559	-0.2409	0.0752	0.0179	0.1849	0.0666	0.0104	0.1654	-0.0285	0.2411	-44.3255	19.7556	-18.6269
10	6.0652	1.7275	-0.1694	5.0748	-0.528	4.1583	0.2075	0.1501	0.0097	-0.3853	-0.2577	-0.0667	0.1178	0.0948	0.0502	0.1543	0.106	-0.0077	0.0993	-0.0384	0.0521	-49.2954	18.1092	-23.4638
11	0.7542	1.2352	0.278	5.3986	3.7019	4.8368	0.0094	0.0362	0.1438	-0.526	0.116	-0.1925	-0.5681	0.3788	-0.1255	0.1803	0.0346	-0.0132	0.2029	-0.0178	0.197	-44.5116	31.0452	-10.5459
12	1.4251	-0.3701	-0.064	1.9625	-1.099	1.6235	-0.035	-0.0289	0.0177	-0.0999	-0.0346	0.0847	-0.0502	-0.183	0.0696	0.1473	0.065	-0.0165	0.1806	-0.0052	0.1158	-54.7455	24.6664	-17.3571
13	4.4178	4.2946	4.7973	4.2531	4.6709	5.2443	-0.9926	-0.0645	1.027	-0.8858	-0.0491	0.7986	-1.1758	0.0299	1.0417	0.8684	-0.0232	-0.1155	0.5654	-0.0473	0.923	-41.0211	42.2828	-4.9768
14	8.6052	6.8807	0.0059	6.2608	1.5198	6.0475	0.1681	-0.1041	0.0238	-0.069	-0.0138	-0.3751	-0.3424	0.5728	-0.1543	0.2213	0.0464	0.0513	0.242	0.0001	0.3715	-39.1097	30.6643	-2.9506
15	1.2255	-0.8561	0.23	0.8574	0.5391	2.1961	-0.055	-0.0926	-0.0377	0.0186	0.011	0.0871	0.0561	-0.039	0.044	0.1499	0.0278	-0.0005	0.1828	-0.0203	0.1288	-51.4817	22.1495	-4.2418
16	2.2593	2.3851	5.6674	2.6322	5.9194	14.629	-0.0689	0.0201	0.1508	-0.0701	-0.022	0.1755	-0.1894	-0.0178	0.091	0.1891	0.0181	-0.0002	0.2102	0.0115	0.2329	-61.6152	24.9689	-13.8722
17	4.0365	-0.8143	-0.5949	7.5911	1.6548	1.9761	0.1472	0.4324	0.0566	-0.4811	-0.1491	-0.0818	0.0066	-0.09	0.0019	0.1866	0.0208	-0.0273	0.1989	-0.0038	0.1309	-59.9235	20.3884	-29.2275
18	5.1586	1.1532	-0.5757	4.2123	-0.6473	0.436	0.0817	0.4676	-0.884	0.1965	-0.099	1.0793	0.1524	-0.4751	0.0173	0.4346	-0.201	-0.0597	0.7371	-0.3086	0.6641	-66.2391	12.6501	-24.0769
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29	4.1087	1.2152	0.6887	0.7989	-0.749	2.5558	0.0735	-0.0401	-0.1252	-0.0951	-0.0746	0.0425	0.1373	-0.0203	0.0011	0.1484	0.0729	-0.0288	0.2375	-0.0249	0.1875	-54.3308	30.4132	19.8298
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34	1.9582	0.3062	-0.5042	9.0065	4.1433	3.3473	-0.0106	0.0118	-0.1592	-0.1392	-0.0855	0.0794	0.0748	-0.1812	0.0961	0.1344	0.0284	-0.0206	0.2209	-0.0138	0.1452	-56.4464	24.5308	4.0898
35	3.8664	0.252	0.6364	4.2581	1.0851	2.2874	-0.0324	-0.5641	0.0315	0.4595	0.0678	-0.0015	-0.2052	-0.0815	-0.0354	0.1277	0.0386	0.0042	0.2822	-0.0283	0.1004	-53.123	37.2217	28.7626
36	5.467	0.4534	-2.1019	8.8309	0.7201	3.3924	0.0873	-0.4907	0.9953	-0.3024	-0.0491	-0.1806	-0.811	-0.2628	-0.0382	0.3909	0.0503	-0.0311	0.2931	-0.1417	0.2839	-49.8443	47.4772	26.9155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	69 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	105 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	122 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	128 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	140 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	160 - 173
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	174 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	187 - 202
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	203 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	215 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	236 - 251
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	252 - 260
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	261 - 293
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	294 - 299
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	300 - 311
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	312 - 329
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	69 - 74
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	75 - 88
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	89 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	101 - 128
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	129 - 168
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	169 - 183
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	184 - 195
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	196 - 202
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	203 - 211
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	212 - 220
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	221 - 237
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	238 - 255
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	256 - 267
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	268 - 275
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	276 - 286
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	287 - 295
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	296 - 310
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	311 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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