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万見
- PDB-3gr9: Crystal structure of ColD H188K S187N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gr9
タイトルCrystal structure of ColD H188K S187N
要素ColD
キーワードTRANSFERASE / colitose / perosamine / PLP / aminotransferase / o-antigen / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Putative pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase / Pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Holden, H.M. / Cook, P.D. / Kubiak, R.L. / Toomey, D.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Two Site-Directed Mutations Are Required for the Conversion of a Sugar Dehydratase into an Aminotransferase.
著者: Cook, P.D. / Kubiak, R.L. / Toomey, D.P. / Holden, H.M.
履歴
登録2009年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年5月3日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ColD
B: ColD
C: ColD
D: ColD
E: ColD
F: ColD
G: ColD
H: ColD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,66514
ポリマ－356,7898
非ポリマー8776
水6,539363
1
A: ColD
B: ColD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4894
ポリマ－89,1972
非ポリマー2922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
2
C: ColD
D: ColD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4894
ポリマ－89,1972
非ポリマー2922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
3
E: ColD
F: ColD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3433
ポリマ－89,1972
非ポリマー1461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28120 Å2
手法PISA
4
G: ColD
H: ColD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3433
ポリマ－89,1972
非ポリマー1461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.728, 114.659, 114.568
Angle α, β, γ (deg.)78.98, 76.23, 76.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ColD / Putative pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase (WbdK)


分子量: 44598.598 Da / 分子数: 8 / 変異: H188K S187N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O55 / 遺伝子: wbdK / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q9F118, UniProt: B1B4V9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6
詳細: Precipitant:20-25% PEG 3400, 100 mM MES, 200 mM MgCl2, pH 6.0, batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日 / 詳細: supper mirrors
放射モノクロメーター: ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 168264 / Num. obs: 160879 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.42 % / Rsym value: 0.114
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 1.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 19367 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
TNT精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R0T

2r0t


解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 15300 -random
Rwork0.177 ---
all0.18 152774 --
obs0.18 152769 90.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24758 0 60 363 25181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONtrigonal planes0.009
X-RAY DIFFRACTIONgeneral planes0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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