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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gr6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the staphylococcus aureus enoyl-acyl carrier protein reductase (fabI) in complex with NADP and triclosan | ||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Enoyl reductase / NADP / Triclosan | ||||||
機能・相同性 | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NADP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Priyadarshi, A. / Hwang, K.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase (FabI), in complex with NADP and triclosan. 著者: Priyadarshi, A. / Kim, E.E. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28351.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MRSA252 / 遺伝子: fabI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6GI75, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-TCL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 10~15% PEG 400, 0.1M TRIS PH 8.0, 4% GLYCEROL, 0.005mM NADP, 0.01mM Triclosan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 57719 / Num. obs: 54851 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.28 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3408 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PD3 解像度: 2.28→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 7.295 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.928 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→47.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.282→2.341 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 20
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