PDB-4bnj: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnj

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-methyl- 2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bnj.cif.gz	831.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bnj.ent.gz	697.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bniC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tbb-1 4ali-2 4bni-2 6yur-1 4bng-1 4ali-1 4alk-2 4d45-2 4alk-1 4cv0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.860, 94.520, 94.830
Angle α, β, γ (deg.)	98.17, 111.87, 97.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MJ5 / 5-methyl-2-phenoxyphenol 分子量: 200.233 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 35% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763
検出器	日付: 2010年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 107887 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.4→49.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 12.401 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19171	5485	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13797	-	-	-
obs	0.14067	102398	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.67 Å²	-0.47 Å²	0.36 Å²
2-	-	-2.3 Å²	-1.1 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15696	0	603	781	17080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	17062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	2.008	23114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.157	24.844	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.821	15	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.964	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.25	1.5	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.155	2	16662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.916	3	6664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.054	4.5	6428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	440	-
R_work	0.204	7414	-
obs	-	-	96.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9947	1.3261	-1.2287	4.247	0.1782	2.0724	-0.0811	-0.416	-0.2762	0.3432	0.2067	-0.226	0.2606	0.3677	-0.1256	0.0896	0.0569	-0.0522	0.1953	0.0501	0.0904	12.5634	32.5524	20.1127
2	5.63	0.7773	-0.6201	2.8745	-0.3998	3.6661	-0.1628	-0.6944	-0.3134	0.3794	0.0066	-0.0789	0.2338	0.3516	0.1563	0.1458	0.0654	-0.0152	0.1958	0.0914	0.0966	8.7762	28.8473	27.0847
3	1.6252	0.1738	0.2412	2.0728	0.3689	1.8776	-0.0385	-0.3272	0.0161	0.2065	0.0128	0.0217	-0.06	-0.0723	0.0257	0.1191	0.0202	0.0101	0.1216	0.0533	0.1021	-0.8283	38.5595	22.5277
4	1.8902	-0.0677	0.5776	0.6363	0.3934	2.274	-0.0372	-0.064	0.028	0.1024	0.0586	0.1516	-0.0551	0.0617	-0.0213	0.1221	-0.0063	0.0187	0.0456	0.0439	0.1152	-3.1361	42.1584	11.9556
5	1.5252	0.6831	0.2792	3.1314	0.6398	1.0345	-0.0697	-0.0458	0.0646	0.0971	0.0611	0.0047	-0.115	0.0595	0.0086	0.0967	-0.0049	0.0175	0.0945	0.0134	0.0844	2.8033	43.9232	8.3363
6	8.6922	-0.2958	-5.9777	4.5938	2.9937	12.5905	-0.2165	0.6795	-0.3595	0.1175	0.1611	-0.0734	0.7161	-1.0308	0.0554	0.1185	-0.0534	-0.0404	0.1377	0.0201	0.2354	2.0398	23.5094	1.0492
7	1.9785	0.0388	-0.8228	1.081	-0.2145	0.414	-0.0525	-0.1273	-0.173	-0.0671	0.0253	-0.1058	0.0227	0.0867	0.0273	0.1062	-0.0111	-0.0145	0.1651	0.0096	0.1848	13.588	35.8224	4.1413
8	2.7546	-0.4892	-0.5986	4.1474	0.3946	3.6698	0.0233	0.2721	0.1994	-0.323	-0.0337	0.2449	-0.4941	-0.4229	0.0104	0.1342	0.1173	-0.0315	0.1625	0.0136	0.1404	-23.0155	58.0639	-11.3655
9	2.0402	-0.0412	0.8185	4.007	-0.3449	8.6116	0.1155	0.2081	0.1354	-0.1398	0.0023	0.3708	-0.6635	-0.7785	-0.1178	0.1388	0.1855	-0.0404	0.2674	-0.0157	0.2265	-30.1098	60.3403	-7.0547
10	2.3192	0.067	1.1678	1.6909	1.1121	4.5627	0.0336	-0.0423	0.0619	-0.0313	-0.1099	0.2761	-0.1797	-0.4501	0.0763	0.0679	0.0839	0.0044	0.1168	-0.0003	0.166	-24.4418	50.0323	0.913
11	2.2946	0.1364	1.0462	0.762	0.0517	2.8241	0.0624	-0.024	-0.059	0.0575	-0.013	0.096	-0.1073	-0.2477	-0.0494	0.0561	0.0477	0.0228	0.0549	0.0041	0.1278	-13.253	47.7614	2.508
12	1.0188	-0.9405	-0.4506	1.2818	0.4872	1.9231	0.0204	0.0166	-0.0169	-0.0812	-0.0632	0.1304	-0.1665	-0.0945	0.0428	0.1025	0.0154	0.0032	0.076	0.0156	0.1083	-9.6675	47.2646	-3.3691
13	15.5039	3.6638	-5.3444	3.7149	-0.5342	8.5372	0.2698	-1.2734	0.7858	0.056	-0.1137	0.1886	-0.6357	0.4322	-0.156	0.3941	0.0725	0.0072	0.1411	-0.0613	0.2463	-4.7927	67.9889	-0.1421
14	0.9813	0.2393	-0.5149	2.0842	-0.0499	1.4374	0.0628	0.0285	0.0628	-0.098	-0.0107	-0.0168	-0.2387	-0.1069	-0.0522	0.1563	0.0535	0.0016	0.0968	0.0149	0.064	-6.7632	56.6659	-13.0389
15	2.9885	0.9002	-0.8237	3.6036	1.4351	2.1862	0.0592	0.4347	0.0181	-0.0971	-0.02	0.196	-0.2135	-0.2255	-0.0392	0.2154	0.0618	-0.0284	0.2123	0.0325	0.0484	-4.774	50.1625	-34.5203
16	6.6548	-2.5192	-0.5461	5.6101	2.2643	2.1636	0.1075	0.6155	0.0736	-0.6771	-0.0675	0.0906	-0.4765	-0.375	-0.0399	0.2865	0.0193	-0.012	0.2824	0.0535	0.0124	-1.4983	49.7812	-42.6191
17	1.484	-0.3375	0.8865	2.2917	-0.0341	2.6984	-0.0334	0.2983	0.1601	-0.2836	0.0525	-0.1477	-0.2618	0.2323	-0.0191	0.1949	-0.0348	0.0529	0.1702	0.0407	0.0387	10.0386	52.828	-34.8794
18	1.7251	-0.8006	0.3413	2.1882	-1.0988	1.8566	0.0125	0.1452	0.1303	-0.1486	0.1137	-0.0826	-0.2506	0.0854	-0.1261	0.1543	-0.04	0.0224	0.1111	-0.026	0.0403	12.072	49.563	-23.9752
19	1.0167	-0.1703	-0.0072	1.5559	1.3773	1.3969	0.0526	0.0493	-0.0354	-0.2331	0.0332	-0.1186	-0.2197	-0.0495	-0.0858	0.155	-0.0199	0.0303	0.0885	0.0169	0.0641	7.0191	50.6322	-19.6766
20	8.4252	1.9039	-4.199	5.9679	-3.7944	9.2545	-0.3241	0.0241	-0.6654	-0.2478	-0.1415	-0.2005	0.6549	0.4068	0.4656	0.1828	0.0437	-0.0193	0.0841	-0.0639	0.1468	1.1874	30.3784	-23.6906
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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