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- PDB-3gpq: Crystal structure of macro domain of Chikungunya virus in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gpq
タイトルCrystal structure of macro domain of Chikungunya virus in complex with RNA
要素
  • Non-structural protein 3
  • RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / macro domain / X domain / Chikungunya / alphavirus / virus / VIZIER. Viral enzymes involved in replication / RNA / ATP-binding / Cell membrane / Endosome / Helicase / Hydrolase / Lipoprotein / Lysosome / Membrane / Methyltransferase / mRNA capping / mRNA processing / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Palmitate / Phosphoprotein / Protease / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Thiol protease / Transferase / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Malet, H. / Jamal, S. / Coutard, B. / Canard, B.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structures of Chikungunya and Venezuelan equine encephalitis virus nsP3 macro domains define a conserved adenosine binding pocket
著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de ...著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de Lamballerie, X. / Canard, B.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
E: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4266
ポリマ－76,4266
非ポリマー00
水4,504250
1
A: Non-structural protein 3
E: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5782
ポリマ－19,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8000 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 3
F: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5782
ポリマ－19,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
3
C: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6351
ポリマ－18,6351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6351
ポリマ－18,6351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.824, 86.824, 81.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 3 / nsP3


分子量: 18635.123 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 1334-1493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: Ross / 遺伝子: nsP3 / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q8JUX6
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量: 942.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 46% PEG 600, 100 mM hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 60011
2PEG 60012
3hepes12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.421 Å / Num. all: 46210 / Num. obs: 46206 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.809 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. measured all: 30275 / Num. unique all: 6793 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化開始モデル: PDB entry 3GPG

3gpg


解像度: 2→28.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 11.298 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / SU Rfree: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2379 5.2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.218 46173 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.6 Å2 / Biso mean: 29.021 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4744 80 0 250 5074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9766512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8695620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38924.462195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51315725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9651528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.53080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18824926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15531704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5014.51582
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 191 -
Rwork0.297 3267 -
all-3458 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08380.30840.46061.75420.17062.0001-0.06440.1011-0.01960.01310.1265-0.15470.0710.0975-0.06220.06190.0075-0.0080.081-0.01910.01586.352643.881-5.1527
24.64560.7227-1.63056.1642-0.41056.9092-0.28530.5825-0.0455-0.22540.3412-0.9024-0.0970.631-0.05580.0634-0.07970.01890.3702-0.12880.220920.983549.7085-6.7769
36.79031.0009-0.26284.3258-1.21324.9326-0.1520.3810.4584-0.36720.2189-0.3667-0.68910.5351-0.06690.2955-0.00580.10460.31640.0660.328119.156356.6484.3065
42.1142-1.0087-0.14192.46810.66030.83640.08090.15050.2718-0.2575-0.0507-0.1656-0.2266-0.0585-0.03030.1358-0.0215-0.0010.12470.0120.04175.891714.4115-12.6195
52.1525-0.43690.25431.95570.72281.29030.0010.0529-0.0596-0.0395-0.03330.03060.0591-0.0360.03230.0921-0.01490.00520.0853-0.00210.0032.36085.3234-11.5022
63.8416-1.03640.3493.0033-0.03333.86440.028-0.02570.3642-0.1101-0.05530.3495-0.316-0.35480.02720.10540.0542-0.02640.1154-0.03080.1138-7.808118.0115-9.2813
73.8103-1.41920.87064.8495-1.88762.0524-0.1401-0.27750.38870.1603-0.0189-0.1994-0.13590.1820.15910.1486-0.0402-0.12570.2242-0.12510.522335.777221.30899.9709
82.73110.70992.07970.24280.17286.6332-0.2477-0.2580.31610.0698-0.0560.0527-0.4786-0.06160.30370.46270.0389-0.09390.2103-0.02380.644532.77234.22714.6395
95.60460.6602-0.1780.3221-0.32862.4306-0.1098-0.26020.30540.0236-0.0062-0.3385-0.0996-0.03340.11610.12040.0159-0.08190.0284-0.06420.658928.348522.00131.0397
106.95860.26860.55583.2044-0.67594.5129-0.2322-1.01830.05510.52890.2058-0.46680.5011-0.50890.02640.20370.0303-0.14550.2094-0.08430.315230.35612.625611.4046
114.88330.4265-2.33153.2167-0.98634.7894-0.24730.4311-0.3417-0.54810.09830.53420.4411-0.17940.14910.2011-0.071-0.14760.1953-0.11790.3311-17.918636.036312.0362
123.69692.07540.70721.5627-0.18531.64930.352-0.1694-0.00540.1178-0.10520.39680.1631-0.0882-0.24680.0741-0.049-0.05860.0724-0.09420.5989-22.057636.456920.3582
134.10142.0259-0.22083.2132-0.46691.1974-0.14870.32130.1158-0.18540.07760.52140.0565-0.09820.07110.1219-0.0674-0.1660.2184-0.10550.4711-29.081436.203410.7917
141.05270.4182-1.25854.5675-0.9463.9387-0.2090.4434-0.1218-0.39090.24290.34850.2297-0.2248-0.03390.3511-0.1105-0.19060.2864-0.1320.2837-23.142235.84993.063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A140 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3A156 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5B40 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6B137 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8C27 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9C58 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10C136 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11D2 - 34
12X-RAY DIFFRACTION12D35 - 78
13X-RAY DIFFRACTION13D80 - 126
14X-RAY DIFFRACTION14D127 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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