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- PDB-3gp8: Crystal structure of the binary complex of RecD2 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gp8
タイトルCrystal structure of the binary complex of RecD2 with DNA
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD, putative
キーワードHYDROLASE/DNA / ALPHA AND BETA PROTEIN / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / HELICASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #940 / RecD-like DNA helicase / RecD helicase-like helix-hairpin-helix domain / RecD-like DNA helicase, SH3 domain / Helix-hairpin-helix containing domain / ATP-dependent RecD-like DNA helicase SH3 domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / Helix-hairpin-helix domain ...SH3 type barrels. - #940 / RecD-like DNA helicase / RecD helicase-like helix-hairpin-helix domain / RecD-like DNA helicase, SH3 domain / Helix-hairpin-helix containing domain / ATP-dependent RecD-like DNA helicase SH3 domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / Helix-hairpin-helix domain / SH3 type barrels. / : / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent RecD2 DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Cook, N. / Wigley, D.B.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Mechanistic basis of 5'-3' translocation in SF1B helicases.
著者: Saikrishnan, K. / Powell, B. / Cook, N.J. / Webb, M.R. / Wigley, D.B.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: DNA binding to RecD: role of the 1B domain in SF1B helicase activity.
著者: Saikrishnan, K. / Griffiths, S.P. / Cook, N. / Court, R. / Wigley, D.B.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD, putative
X: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6802
ポリマ－65,6802
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-24.4 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.140, 90.320, 142.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD, putative


分子量: 61465.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 151-715 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminus deletion mutant of RecD2
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: R1 / DSM 20539 / IFO 15346 / LMG 4051 / NCIB 9279 / 遺伝子: DR_1902, recD / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RT63
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4213.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 8000, 2-6% Ethylene glycol, 100mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2Ethylene glycol11
3Tris-HCl11
4PEG 800012
5Ethylene glycol12
6Tris-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 24877 / Num. obs: 24589 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 2492 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E1S

3e1s


解像度: 2.5→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26827 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.22815 ---
all0.23023 23332 --
obs0.23023 23332 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4088 157 0 190 4435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0214329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1462.025910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88536976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2125546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77922.604169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.7515659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9461542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.23073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22358
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0450.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 92 -
Rwork0.296 1555 -
obs--89.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3149-0.0202-0.09982.30010.53042.2183-0.07490.2824-0.0533-0.2490.01290.2034-0.0749-0.22160.062-0.28490.0611-0.0769-0.20550.0169-0.1578-13.98379.5636-42.4718
22.4151-0.38430.38794.53380.49294.5404-0.1142-0.17560.01240.9552-0.0290.121-0.3863-0.17770.1432-0.043-0.00950.0198-0.2480-0.2409-0.956922.6366-16.1142
33.9332.1845-1.21526.9531-0.36523.24180.2525-0.3854-0.21861.5393-0.2607-0.61690.19770.24740.00830.11450.0183-0.1239-0.20050.0413-0.18929.1763-5.0031-15.1831
46.3091-8.4254-0.033119.4287-7.4296.8301-0.6407-0.7304-0.88492.35580.78982.41090.1982-1.3588-0.14910.7684-0.09170.64120.29970.05060.416-14.4194-8.4169-8.9057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A154 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2A327 - 489
3X-RAY DIFFRACTION2A701 - 716
4X-RAY DIFFRACTION3A490 - 575
5X-RAY DIFFRACTION3A636 - 700
6X-RAY DIFFRACTION4A576 - 635

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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