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- PDB-3gos: The crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gos
タイトルThe crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase from Yersinia pestis CO92
要素2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 2 / 3 / 4 / 5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase / Acyltransferase / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine biosynthetic process / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins ...Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, R. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase from Yersinia pestis CO92
著者: Zhang, R. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
B: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
C: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5804
ポリマ－90,5563
非ポリマー241
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area29430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.792, 69.695, 106.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / THP succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase


分子量: 30185.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: dapD, gi: 16121341, y3140, YPO1041, YP_2810 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8ZH69, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG3000, 0.1M Cacodinate, 0.2M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57.64 Å / Num. all: 71891 / Num. obs: 70583 / % possible obs: 98.18 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13.57
反射 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / % possible all: 90.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MERLOT位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TDT

3tdt


解像度: 1.8→57.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.206 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27198 3741 5 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.22989 70583 98.18 %-
all-71891 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å21.77 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→57.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 0 1 285 6574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0226441
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9478740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.018310439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3975825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68423.916286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.045151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.521551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0971.54086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3621.51704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75126613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88132355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2434.52127
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 263 -
Rwork0.267 4750 -
obs--90.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.466 Å / Origin y: 7.696 Å / Origin z: 26.218 Å
111213212223313233
T0.0473 Å2-0.0013 Å2-0.0287 Å2-0.0826 Å2-0.0055 Å2--0.0328 Å2
L0.2314 °2-0.0186 °2-0.0879 °2-0.2818 °20.0164 °2--0.1226 °2
S-0.0027 Å °-0.0119 Å °0.0138 Å °0.0313 Å °-0.0059 Å °0.0222 Å °0.0175 Å °0.0184 Å °0.0086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1A51 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1A101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION1A151 - 200
5X-RAY DIFFRACTION1A201 - 256
6X-RAY DIFFRACTION1A257 - 274
7X-RAY DIFFRACTION1B-1 - 50
8X-RAY DIFFRACTION1B51 - 100
9X-RAY DIFFRACTION1B101 - 150
10X-RAY DIFFRACTION1B151 - 200
11X-RAY DIFFRACTION1B201 - 256
12X-RAY DIFFRACTION1B257 - 274
13X-RAY DIFFRACTION1C-1 - 50
14X-RAY DIFFRACTION1C51 - 100
15X-RAY DIFFRACTION1C101 - 150
16X-RAY DIFFRACTION1C151 - 200
17X-RAY DIFFRACTION1C201 - 256
18X-RAY DIFFRACTION1C257 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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