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万見
- PDB-3gn4: Myosin lever arm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn4
タイトルMyosin lever arm
要素
  • Calmodulin
  • Myosin-VI
キーワードMOTOR PROTEIN / unconventional myosin / motility / lever arm / 3-helix bundle / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Endocytosis / Golgi apparatus / Hearing / Membrane / Myosin / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Acetylation / Calcium / MOTOR PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell axon guidance / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell axon guidance / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / cellular response to ethanol / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / mitotic spindle pole / myosin heavy chain binding / channel regulator activity / filamentous actin / cytoskeletal motor activity / centriole replication / microvillus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / enzyme regulator activity / ruffle / centriole / filopodium / actin filament organization / actin filament / sensory perception of sound / intracellular protein transport / mitotic spindle / ADP binding / ruffle membrane / spindle / endocytosis / actin filament binding / protein localization / sensory perception of smell / actin cytoskeleton / cell cortex / midbody / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / centrosome / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA - #10 / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA - #10 / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / : / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / Helix non-globular / EF-hand, calcium binding motif / Special / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mukherjea, M. / Llinas, P. / Kim, H. / Travaglia, M. / Safer, D. / Zong, A.B. / Menetrey, J. / Franzini-Armstrong, C. / Selvin, P.R. / Houdusse, A. / Sweeney, H.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Myosin VI dimerization triggers an unfolding of a three-helix bundle in order to extend its reach
著者: Mukherjea, M. / Llinas, P. / Kim, H. / Travaglia, M. / Safer, D. / Menetrey, J. / Franzini-Armstrong, C. / Selvin, P.R. / Houdusse, A. / Sweeney, H.L.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-VI
B: Calmodulin
D: Calmodulin
E: Myosin-VI
F: Calmodulin
H: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,51322
ポリマ－101,9986
非ポリマー51516
水1,26170
1
A: Myosin-VI
B: Calmodulin
D: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,25711
ポリマ－50,9993
非ポリマー2588
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
2
E: Myosin-VI
F: Calmodulin
H: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,25711
ポリマ－50,9993
非ポリマー2588
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.790, 118.390, 182.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-VI / Unconventional myosin VI


分子量: 17347.979 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 771-918 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MYO6 / プラスミド: SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q29122
#2: タンパク質
Calmodulin / CaM


分子量: 16825.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cam, CG8472 / プラスミド: SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62152
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 16 % PEG 2K, 100 mM MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.63 Å / Num. obs: 31647 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BKH

2bkh


解像度: 2.7→45.515 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 1603 5.07 %
Rwork0.2083 --
obs0.2111 31630 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.486 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5399 Å20 Å2-0 Å2
2--19.7142 Å20 Å2
3----17.1743 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 16 70 6347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9618539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0492299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.78720.30171440.25472659X-RAY DIFFRACTION100
2.7872-2.88680.34511320.23562727X-RAY DIFFRACTION100
2.8868-3.00230.26071470.22022661X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.1390.29161580.21662681X-RAY DIFFRACTION100
3.139-3.30440.30421280.22012711X-RAY DIFFRACTION100
3.3044-3.51140.3021550.21242697X-RAY DIFFRACTION100
3.5114-3.78230.24121620.19812697X-RAY DIFFRACTION100
3.7823-4.16270.23521440.17412730X-RAY DIFFRACTION100
4.1627-4.76460.23111760.16342735X-RAY DIFFRACTION100
4.7646-6.00070.25571240.19992788X-RAY DIFFRACTION100
6.0007-45.52140.23461330.21122941X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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