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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gn4 | ||||||
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タイトル | Myosin lever arm | ||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / unconventional myosin / motility / lever arm / 3-helix bundle / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Endocytosis / Golgi apparatus / Hearing / Membrane / Myosin / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Acetylation / Calcium / MOTOR PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell axon guidance / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell axon guidance / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / cellular response to ethanol / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / mitotic spindle pole / myosin heavy chain binding / channel regulator activity / filamentous actin / cytoskeletal motor activity / centriole replication / microvillus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / enzyme regulator activity / ruffle / centriole / filopodium / actin filament organization / actin filament / sensory perception of sound / intracellular protein transport / mitotic spindle / ADP binding / ruffle membrane / spindle / endocytosis / actin filament binding / protein localization / sensory perception of smell / actin cytoskeleton / cell cortex / midbody / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / centrosome / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mukherjea, M. / Llinas, P. / Kim, H. / Travaglia, M. / Safer, D. / Zong, A.B. / Menetrey, J. / Franzini-Armstrong, C. / Selvin, P.R. / Houdusse, A. / Sweeney, H.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Myosin VI dimerization triggers an unfolding of a three-helix bundle in order to extend its reach 著者: Mukherjea, M. / Llinas, P. / Kim, H. / Travaglia, M. / Safer, D. / Menetrey, J. / Franzini-Armstrong, C. / Selvin, P.R. / Houdusse, A. / Sweeney, H.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bkhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17347.979 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 771-918 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q29122 #2: タンパク質 | 分子量: 16825.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Cam, CG8472 / プラスミド: SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P62152 #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 16 % PEG 2K, 100 mM MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→49.63 Å / Num. obs: 31647 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2BKH 解像度: 2.7→45.515 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.486 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.515 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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