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万見
- PDB-3gn3: Crystal structure of a putative protein-disulfide isomerase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn3
タイトルCrystal structure of a putative protein-disulfide isomerase from Pseudomonas syringae to 2.5A resolution.
要素putative protein-disulfide isomerase
キーワードstructural genomics / unknown function / Disulfide / isomerase / pseudomonas / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Thioredoxin-like_fold domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stein, A.J. / Chhor, G. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative protein-disulfide isomerase from Pseudomonas syringae to 2.5A resolution.
著者: Stein, A.J. / Chhor, G. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative protein-disulfide isomerase
B: putative protein-disulfide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1755
ポリマ－39,8952
非ポリマー2803
水1,67593
1
A: putative protein-disulfide isomerase
B: putative protein-disulfide isomerase
ヘテロ分子

A: putative protein-disulfide isomerase
B: putative protein-disulfide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,35110
ポリマ－79,7904
非ポリマー5616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area9870 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.968, 151.968, 115.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Asymmetric unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 putative protein-disulfide isomerase


分子量: 19947.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: pv. tomato DC3000 / 遺伝子: PSPTO4780, PSPTO_4780 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q87W03
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97974 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q215r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 27739 / Num. obs: 27721 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.494 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23692 1393 5 %RANDOM
Rwork0.20568 ---
all0.2078 ---
obs0.20728 26297 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.09 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 17 93 2872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.9353870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9565356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28923.594128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31215442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.51780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06322850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85331072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0964.51020
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 89 -
Rwork0.306 1890 -
obs--98.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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