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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gn0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human arginase I in complex with difluoromethylornithine (DFMO) | ||||||
![]() | Arginase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DFMO binding / polyamine biosynthesis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of alpha,alpha-Disubstituted Amino Acids to Arginase Suggests New Avenues for Inhibitor Design 著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / Dowling, D.P. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 14% JEFFAMINE 2001, 0.1M HEPES PH 7.0, 50MM BICINE PH 8.5, 1.4MM TYMINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→33.82 Å / Num. all: 67814 / Num. obs: 67814 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZAV 解像度: 1.7→33.82 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: STRUCTURE IS AFFECTED BY PERFECT HEMIHEDRAL TWINNING. THE SUBMITTED INTENSITIES DATA ARE UNTWINNED, AND HAVE BEEN USED AS SUCH DURING THE REFINEMENT. THE TWINNING FACTOR IS -H,-K,L AND THE TWIN FRACTION IS = 0.5
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.003 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.82 Å
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拘束条件 |
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