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- PDB-3gn0: Crystal structure of human arginase I in complex with difluoromet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn0
タイトルCrystal structure of human arginase I in complex with difluoromethylornithine (DFMO)
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DFMO binding / polyamine biosynthesis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / L-arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE / : / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Binding of alpha,alpha-Disubstituted Amino Acids to Arginase Suggests New Avenues for Inhibitor Design
著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / Dowling, D.P. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2009年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1448
ポリマ－69,5602
非ポリマー5846
水6,215345
1
A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,21612
ポリマ－104,3403
非ポリマー8769
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area31920 Å2
手法PISA
2
B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,21612
ポリマ－104,3403
非ポリマー8769
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.587, 89.587, 69.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Arginase-1 / Type I arginase / Liver-type arginase


分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / プラスミド: pet11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-DMO / ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE / α-(ジフルオロメチル)オルニチン


分子量: 182.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12F2N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% JEFFAMINE 2001, 0.1M HEPES PH 7.0, 50MM BICINE PH 8.5, 1.4MM TYMINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→33.82 Å / Num. all: 67814 / Num. obs: 67814 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2ZAV

2zav


解像度: 1.7→33.82 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: STRUCTURE IS AFFECTED BY PERFECT HEMIHEDRAL TWINNING. THE SUBMITTED INTENSITIES DATA ARE UNTWINNED, AND HAVE BEEN USED AS SUCH DURING THE REFINEMENT. THE TWINNING FACTOR IS -H,-K,L AND THE TWIN FRACTION IS = 0.5
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.202 3241 RANDOM
Rwork0.161 --
obs0.202 65925 -
all-65925 -
原子変位パラメータBiso mean: 25.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.251 Å20 Å20 Å2
2--0.251 Å20 Å2
3----0.501 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4790 0 28 345 5163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5972
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2132.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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