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万見
- PDB-3gmb: Crystal Structure of 2-Methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gmb
タイトルCrystal Structure of 2-Methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid Oxygenase
要素2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / Mukherjee, T. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of the PLP degradative enzyme 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase from Mesorhizobium loti MAFF303099 and its mechanistic implications.
著者: McCulloch, K.M. / Mukherjee, T. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月26日Group: Other / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0824
ポリマ－92,5112
非ポリマー1,5712
水13,403744
1
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0412
ポリマ－46,2561
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0412
ポリマ－46,2561
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.280, 130.200, 89.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase


分子量: 46255.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mlr6788 / プラスミド: XF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q988D3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 6-9% PEG8000, 100 mM Tris, pH 8.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→76.08 Å / Num. obs: 62559 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.852 / Net I/σ(I): 13.906
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.182.50.335113801.159191.8
2.18-2.262.90.328118431.217196.4
2.26-2.373.20.295121321.198198.5
2.37-2.493.50.248123011.209199.7
2.49-2.653.60.197123251.35199.9
2.65-2.853.60.155123331.425199.9
2.85-3.143.60.118123061.847199.9
3.14-3.593.60.088123482.072199.9
3.59-4.523.50.086123183.22199.9
4.52-303.50.059123203.244199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2963998 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3175 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.193 62566 --
obs0.193 62559 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.894 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 63.35 Å2 / Biso mean: 19.373 Å2 / Biso min: 4.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.2 Å20 Å2-4.042 Å2
2---3.828 Å20 Å2
3----6.373 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 106 744 6580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.252.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 498 4.8 %
Rwork0.26 9915 -
all-10413 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3fad6.paramfad6.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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