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Yorodumi- PDB-3gma: Glutaconyl-coA decarboxylase A subunit from Clostridium symbiosum... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gma | ||||||
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Title | Glutaconyl-coA decarboxylase A subunit from Clostridium symbiosum co-crystallized with glutaryl-CoA | ||||||
Components | Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A | ||||||
Keywords | LYASE / glutaconyl-CoA decarboxylase / sodium ion transport / biotin / glutamate fermentation | ||||||
Function / homology | Function and homology information methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / L-leucine catabolic process / lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium symbiosum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Kress, D. / Brugel, D. / Buckel, W. / Essen, L.-O. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: An asymmetric model for Na+-translocating glutaconyl-CoA decarboxylases Authors: Kress, D. / Brugel, D. / Schall, I. / Linder, D. / Buckel, W. / Essen, L.-O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gma.cif.gz | 233.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gma.ent.gz | 187.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gma.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3gma_validation.pdf.gz | 917.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3gma_full_validation.pdf.gz | 930.8 KB | Display | |
Data in XML | 3gma_validation.xml.gz | 43.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3gma_validation.cif.gz | 61.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/3gma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/3gma | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3gf3C 3gf7C 3glmC 1pixS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 65023.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium symbiosum (bacteria) / Strain: HB25 / Gene: gcdA / Plasmid: pASK-IBA7plus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta (DE3)pLysS / References: UniProt: B7TVP1, EC: 4.1.1.70 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.01 Å3/Da / Density % sol: 69.35 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop Details: co-crystallized with substrate analogon glutaryl-CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR591 / Wavelength: 1.54179 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 11, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54179 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.594→70.711 Å / Num. obs: 61822 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PIX Resolution: 2.6→68.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.875 / SU B: 7.099 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / SU Rfree: 0.213 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.211 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.38 Å2 / Biso mean: 36.737 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→68.52 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Number: 4303 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.596→2.664 Å / Total num. of bins used: 20
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