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- PDB-3glh: Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Psi Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glh
タイトルCrystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Psi Peptide
要素
  • DNA polymerase III subunit delta
  • DNA polymerase III subunit delta'
  • DNA polymerase III subunit tau
キーワードTRANSFERASE / Clamp Loader / Gamma Complex / Replication / Psi / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / Nucleotidyltransferase / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / viral translational frameshifting / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / DNA polymerase III, delta subunit ...DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, tau subunit, domain V / DNA polymerase III subunit tau, DnaB-binding domain IV / DNA polymerase III, tau subunit, domain V superfamily / DNA polymerase III subunits tau domain IV DnaB-binding / DNA polymerase III tau subunit V interacting with alpha / DNA polymerase III, subunit gamma/tau, helical lid domain / DNA polymerase III clamp loader subunit, ATPase lid domain / DNA polymerase III, subunit gamma/ tau, N-terminal / DNA polymerase III, gamma subunit, domain III / DNA polymerase III subunits gamma and tau domain III / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, delta subunit / Ubiquitin-associated (UBA) domain / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ClpA/B family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III subunit delta / DNA polymerase III subunit delta'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.891 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / Simonetta, K.R. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The mechanism of ATP-dependent primer-template recognition by a clamp loader complex.
著者: Simonetta, K.R. / Kazmirski, S.L. / Goedken, E.R. / Cantor, A.J. / Kelch, B.A. / McNally, R. / Seyedin, S.N. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'
K: DNA polymerase III subunit delta
L: DNA polymerase III subunit tau
M: DNA polymerase III subunit tau
N: DNA polymerase III subunit tau
O: DNA polymerase III subunit delta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)603,40715
ポリマ－603,40715
非ポリマー00
水00
1
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,1365
ポリマ－201,1365
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15990 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area79710 Å2
手法PISA
2
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,1365
ポリマ－201,1365
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16240 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area79520 Å2
手法PISA
3
K: DNA polymerase III subunit delta
L: DNA polymerase III subunit tau
M: DNA polymerase III subunit tau
N: DNA polymerase III subunit tau
O: DNA polymerase III subunit delta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,1365
ポリマ－201,1365
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16160 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area78830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.162, 228.494, 164.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta


分子量: 38745.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holA, b0640, JW0635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28630, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III subunit gamma


分子量: 41803.168 Da / 分子数: 9 / Fragment: UNP residues 1-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dnaX, dnaZ, dnaZX, b0470, JW0459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06710, DNA-directed DNA polymerase
#3: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta'


分子量: 36980.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holB, b1099, JW1085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28631, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 300 mM NaK Tartrate, 10% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月9日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.891→100 Å / Num. all: 67070 / Num. obs: 65729 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.891→3.99 Å / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.891→49.621 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.87 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 41.25 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: There are several close contacts because this structure is only a 4A structure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3614 5893 4.9 %Random
Rwork0.3593 ---
obs-64229 89.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.525 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 291.12 Å2 / Biso mean: 111.018 Å2 / Biso min: 29.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-94.7798 Å20 Å217.6454 Å2
2--93.89 Å2-0 Å2
3---64.4952 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.891→49.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41322 0 0 0 41322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01442069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7957096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.51115639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1256648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.891-3.93560.4643920.44421902X-RAY DIFFRACTION44
3.9356-3.98190.44741510.42383114X-RAY DIFFRACTION75
3.9819-4.03050.42061770.42913172X-RAY DIFFRACTION75
4.0305-4.08140.48411920.41953282X-RAY DIFFRACTION78
4.0814-4.13510.39861720.42033407X-RAY DIFFRACTION80
4.1351-4.19170.44261630.40613534X-RAY DIFFRACTION82
4.1917-4.25160.38071870.40673514X-RAY DIFFRACTION84
4.2516-4.3150.42071790.38253638X-RAY DIFFRACTION85
4.315-4.38240.41821750.3973638X-RAY DIFFRACTION85
4.3824-4.45420.3922310.39273690X-RAY DIFFRACTION88
4.4542-4.5310.37281760.38883862X-RAY DIFFRACTION90
4.531-4.61330.37911640.38173820X-RAY DIFFRACTION90
4.6133-4.7020.37322330.37693874X-RAY DIFFRACTION92
4.702-4.79790.35911910.37513942X-RAY DIFFRACTION92
4.7979-4.90210.3561840.37163940X-RAY DIFFRACTION93
4.9021-5.0160.34141920.38874044X-RAY DIFFRACTION94
5.016-5.14140.34622440.39113935X-RAY DIFFRACTION94
5.1414-5.28020.33592010.38314071X-RAY DIFFRACTION95
5.2802-5.43540.38632260.39364024X-RAY DIFFRACTION96
5.4354-5.61060.38161740.39054078X-RAY DIFFRACTION97
5.6106-5.81080.3982190.37814170X-RAY DIFFRACTION97
5.8108-6.04310.42012210.39034122X-RAY DIFFRACTION98
6.0431-6.31760.34762060.37984209X-RAY DIFFRACTION99
6.3176-6.650.41232120.36964281X-RAY DIFFRACTION99
6.65-7.06550.36442210.35944160X-RAY DIFFRACTION99
7.0655-7.60930.33122400.33144207X-RAY DIFFRACTION100
7.6093-8.37170.25281900.29524298X-RAY DIFFRACTION100
8.3717-9.57560.23972140.26894202X-RAY DIFFRACTION99
9.5756-12.03570.26722370.24664138X-RAY DIFFRACTION99
12.0357-49.6250.37462290.3094224X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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