PDB-3gl1: Crystal structure of ATPase domain of Ssb1 chaperone, a member of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gl1

タイトル

Crystal structure of ATPase domain of Ssb1 chaperone, a member of the HSP70 family, from Saccharomyces cerevisiae

要素

Heat shock protein SSB1

キーワード

CHAPERONE / structural genomics / APC90063.1 / ATPase domain / Ssb1 / HSP70 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis / Stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / HSF1-dependent transactivation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / : / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Li, H. / Bargassa, M. / Sahi, C. / Craig, E.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ATPase domain of Ssb1 chaperone, member of the HSP70 family from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Osipiuk, J. / Li, H. / Bargassa, M. / Sahi, C. / Craig, E.A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gl1.cif.gz	178.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gl1.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yuwS 1hx1 1s3x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i2b-d 2ql3-5 4i2f-d 4i2h-d 1tue-3 4i2d-d 6n9o-3 5fpn-1 4iqu-d 6l33-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90063.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (9)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (3)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein SSB1

B: Heat shock protein SSB1

ヘテロ分子

84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein SSB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein SSB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.543, 54.504, 90.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heat shock protein SSB1 / Cold-inducible protein YG101 分子量: 42096.445 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-384 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SSB1, YDL229W, YG101 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11484
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris buffer, 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→37.7 Å / Num. all: 54607 / Num. obs: 54607 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.982
反射シェル	解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YUW

1yuw

解像度: 1.92→37.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 7.944 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21776	2773	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16408	-	-	-
obs	0.16672	54590	97.74 %	-
all	-	54590	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.23 Å²	0 Å²	-1.41 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→37.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5856	0	16	668	6540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.968	8259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.918	3	10248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.672	5	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.572	24.672	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.71	15	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.161	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.856	1.5	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.428	2	6224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.46	3	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.011	4.5	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	150	-
R_work	0.26	3017	-
obs	-	-	77.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0705	0.4747	0.1076	2.8715	-0.7768	3.3904	-0.0063	0.1002	-0.0133	-0.2276	0.1066	0.0509	0.0845	-0.0453	-0.1003	0.0206	-0.0015	-0.0093	0.0275	-0.0244	0.0757	7.9407	33.4231	50.6032
2	0.9943	-0.3368	0.0124	0.919	0.4061	2.0453	0.0597	-0.0707	-0.0967	0.0318	-0.0169	-0.0589	0.0057	-0.0047	-0.0428	0.0156	-0.0154	0.0052	0.0384	0.0041	0.0576	9.6511	32.4232	66.1572
3	1.3221	0.4281	0.5513	0.5381	0.3737	3.6127	0.0092	-0.2378	0.0234	0.0392	-0.1809	0.0723	-0.2259	-0.5851	0.1717	0.0345	0.0214	0.0126	0.1274	-0.0386	0.0374	1.0535	36.9918	71.9485
4	1.266	-0.2608	-0.164	0.1226	0.0558	2.227	0.0589	0.0272	-0.0138	-0.0697	-0.0267	0.0853	-0.0906	-0.1504	-0.0323	0.0531	0.0201	-0.0665	0.0225	-0.0245	0.1029	0.1167	32.5764	51.932
5	5.5228	-1.1322	2.3386	1.7029	0.6312	6.6441	0.1103	0.3268	-0.0517	-0.1913	-0.0632	0.258	-0.3119	-0.0366	-0.0471	0.0637	0.0139	-0.0808	0.0259	0.0066	0.1735	-6.3647	16.6477	47.4386
6	12.0081	-2.5403	12.163	0.5379	-2.5736	12.3211	-0.9533	-1.4862	0.4991	0.2101	0.3774	-0.1147	-1.0091	-1.5153	0.5758	0.2222	-0.0095	-0.0332	0.7331	-0.1217	0.4786	0.0626	14.5503	66.3557
7	2.6512	0.5938	1.3619	1.4405	0.6773	1.7177	0.0837	-0.3103	-0.134	0.066	-0.0403	0.2118	0.1339	-0.0652	-0.0434	0.0945	-0.0203	-0.0001	0.0961	0.0441	0.1222	18.4837	7.9957	74.2008
8	6.2663	-0.6089	4.5982	0.7424	-0.6384	7.0453	0.1518	-0.4509	-0.6974	-0.1509	-0.0191	0.2907	0.4912	-0.2831	-0.1327	0.0917	-0.0128	-0.0439	0.0468	0.0482	0.2249	-8.809	6.4299	58.0157
9	3.3282	0.8338	1.5752	1.4113	0.1214	3.5123	-0.1411	0.146	-0.1829	-0.1876	0.0084	-0.0713	-0.0192	0.169	0.1327	0.0549	0.0073	-0.0478	0.0133	-0.0192	0.1481	2.9479	8.7339	52.8199
10	0.7847	0.1594	0.37	4.145	-0.8191	0.3694	0.1363	0.0638	-0.1911	-0.2844	-0.0486	-0.0445	0.1283	0.044	-0.0877	0.0626	0.0216	-0.0386	0.0196	-0.0399	0.0923	3.4199	14.2529	48.7188
11	1.8084	0.284	0.0649	2.2169	1.0043	7.8867	0.0834	-0.3132	0.217	0.0735	-0.088	0.1726	-0.0888	-0.1896	0.0046	0.0166	-0.015	-0.0034	0.1074	-0.0523	0.0878	34.6279	35.5888	80.5389
12	4.8086	-2.2454	4.2213	2.8747	0.2072	14.0738	-0.178	-0.6263	-0.2834	0.6153	0.1589	0.2302	-0.216	0.0373	0.0191	0.2255	-0.0758	0.006	0.1868	-0.0243	0.2268	26.864	32.7138	83.2131
13	0.7406	0.353	-0.1251	3.4918	-2.8523	3.2312	-0.0004	-0.0626	0.13	-0.0074	0.0389	0.2727	-0.1358	-0.1516	-0.0385	0.0292	0.0239	-0.0399	0.0384	-0.0425	0.0948	29.5901	40.1076	65.7394
14	0.5971	0.1937	0.0628	0.8307	-0.3639	1.6651	0.0067	-0.0634	0.118	-0.0814	-0.0704	-0.0021	-0.0536	0.1122	0.0637	0.0301	0.0031	-0.0172	0.025	-0.0188	0.0584	42.1671	39.586	68.8965
15	0.7063	0.1411	0.8402	0.8125	-0.3457	5.554	0.0472	-0.178	0.008	0.0753	-0.0596	-0.0816	-0.0808	-0.1724	0.0124	0.0201	-0.0176	-0.0198	0.0887	0.0083	0.0322	46.8395	19.8481	83.597
16	1.2251	0.264	1.9541	0.21	0.4906	3.4301	0.0289	0.0699	-0.0114	-0.016	-0.0483	-0.0645	0.0325	0.0958	0.0194	0.0485	0.0118	-0.0011	0.0567	0.0164	0.0474	42.3632	19.6689	64.7307
17	0.549	-0.4025	-0.2685	9.2268	6.9663	8.9077	0.1545	0.0894	0.2388	-0.6204	-0.1003	-0.0059	-0.5605	-0.3445	-0.0542	0.0734	0.0375	0.0599	0.0724	0.0682	0.1249	29.1294	23.5095	44.5775
18	1.2524	1.0436	-0.6602	2.4451	-2.6345	3.2109	0.1004	0.0556	-0.0126	0.0945	0.0308	0.0544	-0.0523	-0.0438	-0.1312	0.0675	0.0245	-0.0062	0.0368	-0.0032	0.0443	27.1449	17.0019	59.9797
19	2.9186	-1.0577	3.3463	4.037	-4.3101	6.5068	0.1422	0.0435	-0.0891	-0.2017	0.0332	0.1448	0.2984	-0.0294	-0.1753	0.0743	0.0316	-0.0044	0.0497	-0.0189	0.0212	25.5411	14.0505	50.9575
20	0.7407	0.6415	0.6801	1.1863	0.4867	0.6775	0.1637	-0.0762	-0.0928	0.1063	-0.11	-0.0241	0.1775	-0.0467	-0.0537	0.0603	0.0147	0.0019	0.0645	0.0242	0.0588	43.4904	14.5829	76.2803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	133 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	189 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	225 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	237 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	312 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	332 - 350
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	351 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	4 - 24
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	25 - 34
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	35 - 53
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	54 - 186
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	187 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	212 - 250
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	251 - 264
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	265 - 284
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	285 - 305
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	306 - 384

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)