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万見
- PDB-3gkz: Crystal structures of a therapeutic single chain antibody in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gkz
タイトルCrystal structures of a therapeutic single chain antibody in complex methamphetamine
要素anti-methamphetamine single chain Fv
キーワードIMMUNE SYSTEM / Therapeutic antibody / Methamphetamine / amphetamine / MDMA / IgG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Celikel, R. / Peterson, E.C. / Owens, M. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of a therapeutic single chain antibody in complex with two drugs of abuse-Methamphetamine and 3,4-methylenedioxymethamphetamine.
著者: Celikel, R. / Peterson, E.C. / Owens, S.M. / Varughese, K.I.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell
Item: _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-methamphetamine single chain Fv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9392
ポリマ－27,7891
非ポリマー1491
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.338, 65.265, 48.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 anti-methamphetamine single chain Fv


分子量: 27789.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG / プラスミド: pPICZ-alpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H
#2: 化合物 ChemComp-B40 / (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / Methamphetamine / メタンフェタミン


分子量: 149.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS A FUSION PROTEIN WHERE TWO CHAINS, CHAIN H AND CHAIN L, WERE FUSED ...THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS A FUSION PROTEIN WHERE TWO CHAINS, CHAIN H AND CHAIN L, WERE FUSED TOGETHER INTO ONE CHAIN USING A 15-RESIDUE LINKER. THE SEQUENCE OF THE LINKER IS: GGGGS GGGGS GGGGS. IN ADDITION, THERE IS A FLAG EPITOPE AT THE N-TERMINAL AND THERE IS A HIS-TAG AT THE C-TERMINAL. PLEASE NOTE THAT THE AMINO ACID NUMBERING IN THIS PDB FILE A SEQUENTIAL NUMBERING OF THE SCFV6H4 SINGLE CHAIN ANTIBODY AMINO ACIDS DUE TO PDB POLICY. PLEASE SEE THE ORIGINAL MANUSCRIPT FOR THE MORE COMMON KABAT AMINO ACID NUMBERING SCHEME OF THE HEAVY AND LIGHT CHAIN RESIDUES. PLEASE USE THE CORRELATION PROVIDED BELOW FOR CONVERTING TO KABAT NUMBERING SCHEME USED IN OUR MANUSCRIPT. PDB NUMBER (PUBLICATION NUMBER): A9 (H1), A90 (H82), A91 (H82A), A92 (H82B), A93 (H82C), A94 (H93), A110 (H99), A111 (H100A), A112 (H100B), A113 (H100C), A114 (H101), A141 (L1), A167 (L27), A168 (L27A), A169 (L28), A247 (L106), A248 (L106A), A249 (L107), HOH 505 (OW(5)), HOH 506 (OW(6))

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 1.15M sidium citrate, 0.28M imidazole malate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月17日 / 詳細: single crystal bent monochromator
放射モノクロメーター: single crystal bent monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.64 Å / Num. all: 16710 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1470 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→38.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 84552.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1142 6.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 16519 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5645 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.44 Å20 Å21.82 Å2
2---5.05 Å20 Å2
3----1.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1781 0 11 96 1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.992.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-2.030.2681786.90.24223860.02309292.7
2.03-2.160.281510.2152216
2.16-2.320.2451480.2092285
2.32-2.660.2562180.233034
2.66-3.340.2692020.2223010
3.34-150.19352210.1913095
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3meth.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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