PDB-3gkx: Crystal structure of putative ArsC family related protein from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gkx

タイトル

Crystal structure of putative ArsC family related protein from Bacteroides fragilis

要素

Putative ArsC family related protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Bacteroides fragilis / ArsC family protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative ArsC family related protein from Bacteroides fragilis
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gkx.cif.gz	59.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gkx.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gkx_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gkx_full_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示
XML形式データ	3gkx_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	3gkx_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1i2a-d 1cjs-d 2imn-2 2imm-2 1dwu-1 4dd1-d 3ln8-3 1dwu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61439

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ArsC family related protein

B: Putative ArsC family related protein

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative ArsC family related protein

ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Putative ArsC family related protein

ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.900, 47.193, 56.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative ArsC family related protein 分子量: 13870.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF3387 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q5L9Z8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97942

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97921	1
2	0.97942	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 11728 / Num. obs: 11480 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 5.91

反射シェル

解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Num. unique all: 274 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 17.025 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26976	539	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20648	-	-	-
all	0.20949	11400	-	-
obs	0.20949	11400	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1893	0	0	142	2035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.989	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.751	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.56	25.065	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.672	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.495	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.67	1.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.203	3	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.464	4.5	715
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	34	-
R_work	0.232	746	-
obs	-	780	91.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0346	0.1873	-0.8454	4.6578	-1.4981	1.5204	-0.0459	-0.6787	-0.4165	0.4352	0.302	0.332	0.0461	-0.2585	-0.256	0.1256	0.0472	0.0556	0.173	0.151	0.1372	29.5256	25.186	31.6549
2	2.7967	-0.0386	1.0683	4.7339	-0.241	0.9412	-0.1385	0.1365	0.228	-0.0296	0.1299	0.1086	-0.1414	-0.071	0.0086	0.09	0.0137	0.0366	0.072	0.0378	0.0519	34.3966	38.5466	18.0416
3	6.6754	1.8908	0.358	4.7743	-3.2226	7.5951	-0.2181	-0.3149	-0.8008	-0.4272	0.4748	0.9082	0.1851	-0.9273	-0.2568	0.0819	0.0415	-0.0225	0.2532	0.2259	0.5778	24.0269	26.1652	23.6059
4	10.1768	2.7509	-1.0201	5.7183	-0.3829	6.7738	0.0515	1.1376	-0.5235	-0.0227	-0.0615	0.3294	0.4085	-0.3262	0.0099	0.0425	-0.023	-0.0492	0.1941	-0.0305	0.1971	1.6547	35.81	3.701
5	6.1887	2.2538	-0.7575	2.0107	-0.0477	4.3928	-0.1945	1.3081	0.246	-0.2606	0.1999	-0.1018	0.0194	0.5863	-0.0054	0.166	0.0328	-0.0124	0.4942	0.1005	0.0722	19.8476	42.1355	1.3025
6	10.4947	2.6321	-3.2826	2.8161	0.4152	3.902	-0.1969	0.289	-0.7556	0.2922	0.1236	0.0746	0.5781	0.186	0.0733	0.23	0.0779	0.006	0.0584	-0.0391	0.1495	7.9049	34.067	11.1109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	34 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	95 - 117

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