PDB-3gk4: X-ray structure of bovine SBi523,Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gk4

タイトル

X-ray structure of bovine SBi523,Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Toth, E.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Small molecules bound to unique sites in the target protein binding cleft of calcium-bound S100B as characterized by nuclear magnetic resonance and X-ray crystallography.
著者: Charpentier, T.H. / Wilder, P.T. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Zhong, S. / Coop, A. / Pozharski, E. / MacKerell, A.D. / Toth, E.A. / Weber, D.J.

履歴

登録	2009年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gk4.cif.gz	35 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gk4.ent.gz	22.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gk4_validation.pdf.gz	830.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gk4_full_validation.pdf.gz	833 KB	表示
XML形式データ	3gk4_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	3gk4_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gk1C 3gk2C 1mhoS 1dt7 3cr2 3cr4 3cr5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5er4-1 4xyn-2 4pdz-d 3iqo-2 5a68-d 3ko0-8 3ko0-7 3ko0-10 3gk2-1 3iqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: Protein S100-B

ヘテロ分子

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Protein S100-B

ヘテロ分子

X: Protein S100-B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.459, 89.532, 59.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10681.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-53A / ethyl 5-{[(1R)-1-(ethoxycarbonyl)-2-oxopropyl]sulfanyl}-1,2-dihydro[1,2,3]triazolo[1,5-a]quinazoline-3-carboxylate 分子量: 404.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₄O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 35% PEGMME550, 7.5mM CaCl2, 100mM Bis-Tris buffer, 2.5% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 7056 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 44.176

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	3.6	0.273	473	0.847	1	64.8
1.97-2.05	4.8	0.243	599	0.937	1	80.6
2.05-2.14	5.6	0.171	699	1.016	1	95.4
2.14-2.25	6.5	0.122	733	1.065	1	99.2
2.25-2.39	6.9	0.1	749	1.151	1	99.7
2.39-2.58	7.1	0.068	740	1.183	1	100
2.58-2.84	7.1	0.052	766	1.135	1	100
2.84-3.25	7	0.05	744	1.025	1	99.9
3.25-4.09	6.8	0.034	761	0.934	1	99.1
4.09-50	6.5	0.024	792	1.06	1	95.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.24 Å	32.16 Å
Translation	2.24 Å	32.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MHO

1mho

解像度: 1.9→44.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.24 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.818 / SU B: 8.279 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.214 / SU R_free: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	326	4.6 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.21	7045	93.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.5 Å² / B_iso mean: 47.206 Å² / B_iso min: 37.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	727	0	30	40	797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.62	1.997	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.069	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.999	26.5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.601	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.574	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.138	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.763	1.5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.144	2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.979	3	376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.173	4.5	315

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	11	-
R_work	0.226	317	-
all	-	328	-
obs	-	-	60.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	24.7486	-3.279	-3.1047	33.6801	10.3868	9.3223	0.0441	-1.2657	0.356	0.0236	0.3986	-2.03	-0.2365	0.7587	-0.4426	-0.1775	0.0426	0.0391	-0.0695	0.0247	-0.0257	3.2547	5.56	-2.4199
2	5.1265	11.0537	-0.1935	57.2179	2.4563	0.2547	-0.2051	0.2758	-0.1533	-1.2383	0.192	-0.5973	0.1282	0.2594	0.013	0.0466	0.0773	0.0143	-0.1262	0.0077	-0.2168	-1.7155	-5.6025	-6.7581
3	7.0384	-0.3689	0.6257	6.6914	-0.0646	6.6023	-0.0681	0.4856	-0.4584	-0.7102	0.0539	0.0234	0.5881	-0.0075	0.0142	-0.0522	0.0061	-0.0165	-0.1795	-0.027	-0.163	-5.4413	-16.4793	-4.8671
4	8.4448	2.1859	2.1908	6.8593	-0.748	4.8117	0.2063	-0.3437	-0.034	0.4743	-0.1976	0.5282	0.4613	-0.1837	-0.0087	-0.0682	-0.0165	0.0367	-0.1558	-0.0282	-0.1316	-10.4705	-17.198	5.4103
5	5.3273	5.4898	2.4452	15.6196	8.0371	12.5952	-0.0562	0.402	0.1435	-0.8102	0.3182	0.4363	-0.2044	-0.2012	-0.262	-0.1516	0.0174	-0.072	-0.1712	0.0258	-0.0406	-12.6237	-8.6122	-3.4917
6	8.2611	-5.1498	8.8647	8.886	6.7376	37.6814	-0.2095	-0.8099	0.266	1.0238	0.4621	-0.1791	-0.2251	0.5464	-0.2526	-0.0022	0.0324	0.0334	-0.0568	0.0213	0.0105	-7.181	-1.6476	12.2504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	6 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	X	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	41 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	64 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	79 - 88

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関連情報:EMDBヘッダ

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