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万見
- PDB-3gjn: Following evolutionary paths to high affinity and selectivity pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gjn
タイトルFollowing evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins
要素
  • Colicin-E7
  • Colicin-E9 immunity protein
キーワードHYDROLASE / Protein-Protein complex / Bacteriocin immunity / Antibiotic / Antimicrobial / Bacteriocin / Endonuclease / Metal-binding / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / His-Me finger superfamily / HNH nuclease / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E9 immunity protein / Colicin-E7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Dym, O. / Tawfik, D.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Following evolutionary paths to protein-protein interactions with high affinity and selectivity
著者: Levin, K.B. / Dym, O. / Albeck, S. / Magdassi, S. / Keeble, A.H. / Kleanthous, C. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2009年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Experimental preparation
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin-E9 immunity protein
B: Colicin-E7
C: Colicin-E7
D: Colicin-E9 immunity protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8816
ポリマ－51,7504
非ポリマー1312
水27015
1
A: Colicin-E9 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6451
ポリマ－9,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Colicin-E7
D: Colicin-E9 immunity protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9403
ポリマ－25,8752
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Colicin-E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2962
ポリマ－16,2301
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Colicin-E9 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6451
ポリマ－9,6451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.650, 53.713, 79.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA1004 - 10854 - 85
21GLNGLNDD1004 - 10854 - 85
12LYSLYSBB452 - 57617 - 141
22LYSLYSCC452 - 57617 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Colicin-E9 immunity protein / ImmE9 / Microcin-E9 immunity protein


分子量: 9644.530 Da / 分子数: 2 / 変異: H545A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: imm, ceiE9 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P13479
#2: タンパク質 Colicin-E7


分子量: 16230.438 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 446-576
変異: N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: colE7, cea / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q47112, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 292 K / pH: 10.5
詳細: 30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 15983 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 8.63
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1405 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FR2, 1ZNV

1fr2

1znv


解像度: 2.48→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 8.279 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.766 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27566 814 5.1 %RANDOM
Rwork0.24233 ---
obs0.24403 15160 91.86 %-
all-16503 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å2-3.75 Å2
2---4.03 Å20 Å2
3---3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3226 0 2 15 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0223292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5111.9474422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2715397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56524.878164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.06115612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2481520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.21493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.22204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3590.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.511.52085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08923233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54831406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2364.51189
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A647loose positional0.245
2B955loose positional0.155
1A647loose thermal1.1710
2B955loose thermal1.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 45 -
Rwork0.299 619 -
obs--52.37 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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