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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gj8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF34 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / G protein (Gタンパク質) / GDP / Ran / Nup153 / Nuclear Pore (核膜孔) / Zinc Finger (ジンクフィンガー) / Acetylation (アセチル化) / Cytoplasm (細胞質) / GTP-binding / Host-virus interaction / Isopeptide bond / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / Protein transport / Transport / Ubl conjugation / DNA-binding / Metal-binding / mRNA transport / Nuclear pore complex (核膜孔) / Translocation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoplasmic side of nuclear pore / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins ...nucleoplasmic side of nuclear pore / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of RNA export from nucleus / annulate lamellae / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore complex assembly / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / protein localization to nucleolus / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear localization sequence binding / dynein intermediate chain binding / DNA metabolic process / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / mRNA transport / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / 核膜孔 / protein-membrane adaptor activity / 中心小体 / protein export from nucleus / viral process / nuclear periphery / mitotic spindle organization / G protein activity / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / recycling endosome / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / メラノソーム / positive regulation of protein binding / 核膜 / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / double-stranded DNA binding / 核膜 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / 細胞分裂 / GTPase activity / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Partridge, J.R. / Schwartz, T.U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystallographic and Biochemical Analysis of the Ran-binding Zinc Finger Domain. 著者: Partridge, J.R. / Schwartz, T.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gj8.cif.gz | 227.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gj8.ent.gz | 179.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gj8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 24846.479 Da / 分子数: 2 / 変異: F35S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P62826 #2: タンパク質 | 分子量: 9394.635 Da / 分子数: 2 Fragment: Nup153 - Zinc finger module 34: UNP residues 790-876 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nup153 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P49791 |
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-非ポリマー , 4種, 556分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 52824 / Num. obs: 52824 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.31 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entru 3GJ3 解像度: 1.82→33.754 Å / SU ML: 0.49 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.192 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.49 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→33.754 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: Chain D |