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万見
- PDB-3giu: 1.25 Angstrom Crystal Structure of Pyrrolidone-Carboxylate Peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3giu
タイトル1.25 Angstrom Crystal Structure of Pyrrolidone-Carboxylate Peptidase (pcp) from Staphylococcus aureus
要素Pyrrolidone-carboxylate peptidase
キーワードHYDROLASE / pyrrolidone-carboxylate peptidase / idp00836 / Protease / Thiol protease / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase ...Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pyrrolidone-carboxylate peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.25 Angstrom Crystal Structure of Pyrrolidone-Carboxylate Peptidase (pcp) from Staphylococcus aureus
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
B: Pyrrolidone-carboxylate peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,33012
ポリマ－47,2062
非ポリマー1,12410
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.790, 81.000, 119.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyrrolidone-carboxylate peptidase / 5-oxoprolyl-peptidase / Pyroglutamyl-peptidase I / PGP-I / Pyrase


分子量: 23603.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: aureus COL / 遺伝子: pcp, SACOL2714 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5HCK7, pyroglutamyl-peptidase I

-
非ポリマー , 6種, 629分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: protein solution: 0.3M NaCl, 10mM Hepes pH 7.5; Screen solution: 20% PEG3350, Sodium Acetate 0.1M pH 4.5; Cryo solution: 7% Glycerol, 7% Ethilene Glycol, 7% Sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: protein solution: 0.3M NaCl, 10mM Hepes pH 7.5; Screen solution: 20% PEG3350, Sodium Acetate 0.1M pH 4.5; Cryo solution: 7% Glycerol, 7% Ethilene Glycol, 7% Sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月14日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: Si{111} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→24.55 Å / Num. all: 114545 / Num. obs: 114545 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 15769 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→24.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.253 / SU ML: 0.024 / Isotropic thermal model: Anisotropic Atomic Refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14782 5691 5 %RANDOM
Rwork0.11616 ---
all0.11775 108305 --
obs0.11775 108305 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→24.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 68 619 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9715186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91836144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3985512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74925.988167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.16115609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.238158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8861.52343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6491.5919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71323867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.98731425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6974.51290
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.64636229
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.898707
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.95286115
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 369 -
Rwork0.217 7057 -
obs-7057 87.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.959-0.02050.2341.1195-0.01091.2265-0.00840.2238-0.0303-0.07250.0014-0.0374-0.06880.03170.0070.0367-0.00040.00880.0529-0.00690.005925.25375.8857-33.7275
20.82060.0071-0.01640.41750.20280.9807-0.01120.0170.0103-0.0129-0.0306-0.0093-0.0534-0.01760.04180.01570.0003-0.00080.00270.0010.006123.90587.2369-21.9235
30.9033-0.3171-0.42290.42350.14511.4749-0.0030.0149-0.1154-0.0022-0.0263-0.00020.1217-0.11720.02930.0273-0.0116-0.00960.01140.00290.040415.8078-3.2572-23.0809
41.3702-0.17940.5231.116-0.13641.2124-0.0148-0.2159-0.09470.08850.02780.0328-0.0334-0.1236-0.01310.03030.00220.00950.03580.01360.009924.364-2.465310.0568
50.825-0.03830.11290.5732-0.31860.7103-0.0217-0.00180.03450.0306-0-0.0129-0.0543-0.04590.02170.01450.0023-0.00210.0041-0.00070.00625.66673.0491-0.2521
60.59630.24-0.34880.4132-0.53840.7076-0.01380.0572-0.0611-0.044-0.0117-0.01740.06670.0140.02550.04130.0091-0.00130.0113-0.00830.038133.8192-7.7219-2.9213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3A173 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5B54 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6B173 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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