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万見
- PDB-3gin: Crystal structure of E454K-CBD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gin
タイトルCrystal structure of E454K-CBD1
要素Sodium/calcium exchanger 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CBD1 / CBD2 / NCX / calcium binding domain 1 / Antiport / Calcium transport / Calmodulin-binding / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Membrane / Phosphoprotein / Sodium transport / Transmembrane / Transport / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction / sodium ion transmembrane transport / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding / axon / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region ...Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / Sodium/calcium exchanger protein / CalX-like domain superfamily / DnaJ domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chaptal, V. / Mercado-Besserer, G. / Abramson, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and functional analysis of a Ca2+ sensor mutant of the na+/ca2+ exchanger
著者: Chaptal, V. / Ottolia, M. / Mercado-Besserer, G. / Nicoll, D.A. / Philipson, K.D. / Abramson, J.
履歴
登録2009年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/calcium exchanger 1
B: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2059
ポリマ－34,9242
非ポリマー2817
水1,76598
1
A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6225
ポリマ－17,4621
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5824
ポリマ－17,4621
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.858, 91.858, 65.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Sodium/calcium exchanger 1 / Na(+)/Ca(2+)-exchange protein 1


分子量: 17462.182 Da / 分子数: 2 / 断片: Calx-beta 1 domain / 変異: E454K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SLC8A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P23685
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: mother liquor: 3.5 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, protein concentration: 20 mg/ml, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→65 Å / Num. all: 11458 / Num. obs: 10733 / % possible obs: 98.34 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DPK

2dpk


解像度: 2.4→64.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 16.067 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25862 535 4.7 %RANDOM
Rwork0.19298 ---
obs0.19615 10733 98.34 %-
all-11458 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→64.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 7 98 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.942457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8932881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.75228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48525.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07715291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.862158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.284
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7621.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1441.5481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33821852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.023707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1214.5605
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 34 -
Rwork0.268 765 -
obs--97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8489-2.73950.87172.8151-0.26491.0114-0.0120.07580.0860.0179-0.038-0.0534-0.03650.10070.05-0.0742-0.01810.017-0.07490.0093-0.0853-17.3311-9.611-16.5326
24.6526-2.27530.7273.13810.25842.1170.11150.1393-0.0718-0.043-0.0053-0.04790.21710.0678-0.1061-0.068-0.0107-0.0038-0.1034-0.0102-0.1144-29.9389-25.646-15.5972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A370 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B370 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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