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- PDB-3ghp: Structure of the second type II cohesin module from the adaptor S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ghp
タイトルStructure of the second type II cohesin module from the adaptor ScaA scaffoldin of Acetivibrio cellulolyticus (including long C-terminal linker)
要素Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Linker segments / beta barrel / alpha helix / beta flaps
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Noach, I. / Frolow, F. / Bayer, E.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Intermodular linker flexibility revealed from crystal structures of adjacent cellulosomal cohesins of Acetivibrio cellulolyticus
著者: Noach, I. / Frolow, F. / Alber, O. / Lamed, R. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of Acetivibrio cellulolyticus cellulosomal type II cohesin module: two versions having different linker lengths
著者: Noach, I. / Alber, O. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Levy-Assaraf, M. / Shimon, L.J.W. / Frolow, F.
履歴
登録2009年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
B: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,83816
ポリマ－48,9692
非ポリマー86914
水1,31573
1
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8577
ポリマ－24,4851
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9819
ポリマ－24,4851
非ポリマー4978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.759, 159.221, 44.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B


分子量: 24484.543 Da / 分子数: 2 / 断片: Cohesin module residues 190-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: scaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7WYN3
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, 10%(v/v) 2-propanol, 17%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→50 Å / Num. all: 12802 / Num. obs: 12802 / % possible obs: 71.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 64.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.487→2.54 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 211 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 24.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: PDB entry 3FNK

3fnk


解像度: 2.487→42.601 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 2.08 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 37.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement made using Refmac 5.5.0066. For the last refinement cycles Phenix was used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 648 5.07 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.217 12779 65.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.251 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 206.01 Å2 / Biso mean: 71.096 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.179 Å2-0 Å20 Å2
2---0.191 Å2-0 Å2
3---19.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.487→42.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 56 73 2960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4813986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.371049
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.487-2.60.398430.26589693923
2.6-2.7370.398900.2871567165740
2.737-2.9090.3831410.2792414255562
2.909-3.1330.3221740.2613130330480
3.133-3.4480.4161650.2543176334181
3.448-3.9470.3171710.1963030320178
3.947-4.9720.2441570.1633066322378
4.972-42.6070.2951570.1913286344384
精密化 TLS手法: refined / 詳細: all / Origin x: 4.0121 Å / Origin y: -31.0123 Å / Origin z: 13.896 Å
111213212223313233
T-0.0189 Å2-0.0244 Å20.0393 Å2--0.0794 Å20.1189 Å2---0.0539 Å2
L1.031 °20.0055 °20.2313 °2-0.8737 °2-0.1059 °2--0.6736 °2
S-0.058 Å °-0.0682 Å °-0.1211 Å °0.0043 Å °-0.018 Å °-0.0181 Å °-0.0594 Å °-0.0312 Å °-0.1612 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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