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- PDB-3ghg: Crystal Structure of Human Fibrinogen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ghg
タイトルCrystal Structure of Human Fibrinogen
要素
  • A knob
  • B knob
  • Fibrinogen alpha chain
  • Fibrinogen beta chain
  • Fibrinogen gamma chain
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / triple-stranded coiled coil / beta sheets (Βシート) / alpha helices (Αヘリックス) / Amyloid (アミロイド) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / Blood coagulation (凝固・線溶系) / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Phosphoprotein / Secreted (分泌) / Pyrrolidone carboxylic acid (ピログルタミン酸) / Sulfation
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / 細胞皮質 / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / 獲得免疫系 / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / 自然免疫系 / シナプス / structural molecule activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #50 / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #50 / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen beta chain / Fibrinogen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Doolittle, R.F. / Kollman, J.M. / Sawaya, M.R. / Pandi, L. / Riley, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human fibrinogen.
著者: Kollman, J.M. / Pandi, L. / Sawaya, M.R. / Riley, M. / Doolittle, R.F.
履歴
登録2009年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年5月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_src_syn / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 / _pdbx_entity_branch_list.comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibrinogen alpha chain
B: Fibrinogen beta chain
C: Fibrinogen gamma chain
D: Fibrinogen alpha chain
E: Fibrinogen beta chain
F: Fibrinogen gamma chain
G: Fibrinogen alpha chain
H: Fibrinogen beta chain
I: Fibrinogen gamma chain
J: Fibrinogen alpha chain
K: Fibrinogen beta chain
L: Fibrinogen gamma chain
M: A knob
N: A knob
O: B knob
P: B knob
Q: A knob
R: A knob
S: B knob
T: B knob
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)651,38833
ポリマ－643,06020
非ポリマー8,32813
水0
1
A: Fibrinogen alpha chain
B: Fibrinogen beta chain
C: Fibrinogen gamma chain
D: Fibrinogen alpha chain
E: Fibrinogen beta chain
F: Fibrinogen gamma chain
M: A knob
N: A knob
O: B knob
P: B knob
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,13816
ポリマ－321,53010
非ポリマー4,6086
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Fibrinogen alpha chain
H: Fibrinogen beta chain
I: Fibrinogen gamma chain
J: Fibrinogen alpha chain
K: Fibrinogen beta chain
L: Fibrinogen gamma chain
Q: A knob
R: A knob
S: B knob
T: B knob
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,24917
ポリマ－321,53010
非ポリマー3,7207
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.238, 94.866, 300.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21E
31H
41K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 202 - 458 / Label seq-ID: 202 - 458

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2EE
3HH
4KK

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Fibrinogen alpha chain /


分子量: 60969.754 Da / 分子数: 4 / 断片: mature chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma血漿 / 参照: UniProt: P02671
#2: タンパク質
Fibrinogen beta chain /


分子量: 52379.438 Da / 分子数: 4 / 断片: mature chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma血漿 / 参照: UniProt: P02675
#3: タンパク質
Fibrinogen gamma chain /


分子量: 46521.777 Da / 分子数: 4 / 断片: mature chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma血漿 / 参照: UniProt: P02679

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 MNQROPST

#4: タンパク質・ペプチド
A knob


分子量: 426.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: タンパク質・ペプチド
B knob


分子量: 467.522 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
糖 , 3種, 5分子

#6: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 2224.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-1-4-5-3-1-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e4-f1_f6-g2_h2-i1_i4-j1_j6-k2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 1種, 8分子

#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE FOR CHAINS C,F,I,L BELONGS TO ISOFORM 2 OF FIBRINOGEN GAMMA CHAIN (UNP ENTRY P02679-2).

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月3日 / 詳細: superbend
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 116461 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.102

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0061精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 2.9→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.137 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30917 5820 5 %RANDOM
Rwork0.25221 ---
obs0.25505 116461 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20.6 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31283 0 550 0 31833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02232743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0222470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3161.95944076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9483.00454494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.32953872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84624.9091652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.466155702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.14115190
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.24664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0235993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.904222321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.08827924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.184331037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.564213687
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.246313012
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1501medium positional0.320.5
1501medium positional0.340
1501medium positional0.280
1501medium positional0.330
2044loose positional0.545
2044loose positional0.550
2044loose positional0.480
2044loose positional0.610
1501medium thermal7.232
1501medium thermal4.360
1501medium thermal2.60
1501medium thermal3.80
2044loose thermal6.4410
2044loose thermal3.680
2044loose thermal2.490
2044loose thermal3.220
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 19 -
Rwork0.264 400 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.71820.1889-1.63730.02310.02490.6820.09241.0895-0.04080.02320.02850.0321-0.0945-0.1127-0.12090.3693-0.0013-0.00180.3628-0.00470.3647-7.593316.9807-42.7224
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162.3071-0.34330.15371.1901-0.33431.59740.07140.2679-0.0638-0.10240.0156-0.0145-0.04190.0049-0.0870.0787-0.0358-0.00280.2250.02690.1266-61.2503-39.7074-35.1182
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223.35240.11940.48740.9051-0.23331.96510.0089-0.17180.02630.11840.061-0.0251-0.0091-0.1832-0.06990.17730.01770.02460.2744-0.00160.1064243.8539-58.4279-157.6609
234.9232-0.234-2.02160.02330.14531.02950.1538-1.01160.43660.01360.0235-0.0006-0.0440.2291-0.17730.3698-0.0009-0.00110.3619-0.00190.3659191.4011-45.8424-117.4431
242.0689-0.43250.26192.19310.06812.01720.06380.1007-0.1198-0.0098-0.0482-0.19490.23210.0386-0.01550.1067-0.00110.0065-0.0116-0.00220.1071289.7523-71.3264-160.6678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2A151 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3B58 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4B249 - 458
5X-RAY DIFFRACTION5C14 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6C163 - 394
7X-RAY DIFFRACTION7D27 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8D150 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9E58 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10E249 - 458
11X-RAY DIFFRACTION11F14 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12F288 - 395
13X-RAY DIFFRACTION13G27 - 150
14X-RAY DIFFRACTION14G151 - 200
15X-RAY DIFFRACTION15H58 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16H249 - 458
17X-RAY DIFFRACTION17I2 - 288
18X-RAY DIFFRACTION18I289 - 395
19X-RAY DIFFRACTION19J27 - 150
20X-RAY DIFFRACTION20J151 - 200
21X-RAY DIFFRACTION21K58 - 249
22X-RAY DIFFRACTION22K250 - 458
23X-RAY DIFFRACTION23L5 - 163
24X-RAY DIFFRACTION24L164 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る