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万見
- PDB-3gh1: Crystal structure of predicted nucleotide-binding protein from Vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gh1
タイトルCrystal structure of predicted nucleotide-binding protein from Vibrio cholerae
要素Predicted nucleotide-binding protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MCP/YpsA-like / MoCo carrier protein-like / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, C-terminal domain / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, N-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase PpnN-like superfamily / Pyrimidine/purine nucleotide monophosphate nucleosidase, C-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidases / LOG family / Possible lysine decarboxylase ...: / MCP/YpsA-like / MoCo carrier protein-like / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, C-terminal domain / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, N-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase PpnN-like superfamily / Pyrimidine/purine nucleotide monophosphate nucleosidase, C-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidases / LOG family / Possible lysine decarboxylase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / AMP nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of predicted nucleotide-binding protein from Vibrio cholerae.
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted nucleotide-binding protein
B: Predicted nucleotide-binding protein
C: Predicted nucleotide-binding protein
D: Predicted nucleotide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6458
ポリマ－210,2654
非ポリマー3804
水23,9421329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-20.6 kcal/mol
Surface area67060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.034, 181.546, 95.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -999 - 999 / Label seq-ID: -999 - 999

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Predicted nucleotide-binding protein


分子量: 52566.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: El Tor Inaba N16961 / Serotype O1 / 遺伝子: VC_0899 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q9KTK3
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15M Malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月27日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.832→27.096 Å / Num. obs: 149929 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 2.955

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å48.54 Å
Translation3.5 Å48.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PMB

2pmb


解像度: 1.9→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.869 / SU B: 7.17 / SU ML: 0.095 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / SU Rfree: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 6921 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.172 138191 90.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.64 Å2 / Biso mean: 22.133 Å2 / Biso min: 4.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13957 0 20 1329 15306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02214289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9191.97219342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18151770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12924.195665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.923152483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0811596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02110876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6353.58872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6315014297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.778505417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4074.55042
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3420 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ATIGHT POSITIONAL0.465
BTIGHT POSITIONAL0.435
CTIGHT POSITIONAL0.525
DTIGHT POSITIONAL0.435
ATIGHT THERMAL3.4810
BTIGHT THERMAL3.110
CTIGHT THERMAL4.2510
DTIGHT THERMAL3.6710
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 369 -
Rwork0.314 7925 -
all-8294 -
obs--74.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3811-0.0479-0.09040.22290.00710.25250.03720.01210.1077-0.0312-0.0201-0.0164-0.0697-0.0176-0.01710.0320.0089-0.00320.00320.00120.04688.508129.381816.1012
20.52410.0529-0.05650.43050.02690.36890.0086-0.0574-0.11150.0291-0.018-0.04390.111-0.01740.00930.0429-0.0143-0.01370.01240.02050.038525.4126-30.564629.861
30.7410.241-0.28070.5383-0.15880.33070.0794-0.24810.08850.1111-0.0455-0.0235-0.04250.0644-0.0340.0373-0.0193-0.00940.0886-0.03330.023332.30811.464448.8424
40.53090.0153-0.19880.37870.05670.6121-0.02650.071-0.0316-0.083-0.0109-0.0010.0333-0.07560.03730.0344-0.0068-0.00460.0147-0.00470.008216.4211-10.2615-8.1255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 462
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 462
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 453
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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