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- PDB-3ggl: X-Ray Structure of the C-terminal domain (277-440) of Putative ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ggl
タイトルX-Ray Structure of the C-terminal domain (277-440) of Putative chitobiase from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR324A.
要素Putative chitobiase
キーワードstructural genomics / unknown function / Structure Genomics / NESG / BtR324A / Q8A9F0_BACTN / Bacteroides thetaiotaomicron / BT_0865 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chitobiase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. ...Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR324A
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9383
ポリマ－18,7671
非ポリマー1722
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative chitobiase
ヘテロ分子

A: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8776
ポリマ－37,5342
非ポリマー3434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.860, 86.860, 50.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Putative chitobiase


分子量: 18766.789 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 280-440 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_0865 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8A9F0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.75M MgFormate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月22日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 8624 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F2Z

3f2z


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 36.628 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: number of unique reflections: 8624. number of the Friedel pairs: 4633.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 210 4.6 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 4615 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 1 9 1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.951727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6325160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.43325.17258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.33115211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.843156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.2881
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0270.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3041.5809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.50621279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6533530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1424.5448
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.536 10 -
Rwork0.342 305 -
obs-315 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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