[日本語] English
万見
- PDB-3gfk: Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfk
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • Regulatory protein spx
キーワードTranscription/Transferase / protein-protein complex / Cytoplasm / Redox-active center / Stress response / Transcription / Transcription regulation / DNA-directed RNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transcription-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Glutaredoxin ...Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Glutaredoxin / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Glutaredoxin / DNA polymerase; domain 1 / Thioredoxin-like superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Global transcriptional regulator Spx / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lamour, V. / Westblade, L.F. / Campbell, E.A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the in vivo-assembled Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex
著者: Lamour, V. / Westblade, L.F. / Campbell, E.A. / Darst, S.A.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein spx
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6702
ポリマ－24,6702
非ポリマー00
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.900, 44.300, 117.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Regulatory protein spx


分子量: 15551.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spxA, BSU11500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O31602
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 9118.472 Da / 分子数: 1 / Fragment: Alpha C-terminal domain (alpha-CTD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rpoA, BSU01430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20429, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.3376
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3376 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 11313 / % possible obs: 99.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z3E

1z3e


解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 523 -RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 10088 98.9 %-
all-10201 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.211 Å20 Å20 Å2
2--1.818 Å20 Å2
3----1.607 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1586 0 0 257 1843
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る