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- PDB-3gfi: Crystal structure of ST1710 complexed with its promoter DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfi
タイトルCrystal structure of ST1710 complexed with its promoter DNA
要素
  • 146aa long hypothetical transcriptional regulator
  • 5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*T)-3'
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription regulator / ST1710 / MarR / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / MarR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kumarevel, T. / Tanaka, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: ST1710-DNA complex crystal structure reveals the DNA binding mechanism of the MarR family of regulators.
著者: Kumarevel, T. / Tanaka, T. / Umehara, T. / Yokoyama, S.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the MarR family regulatory protein, ST1710, from Sulfolobus tokodaii strain 7.
著者: Kumarevel, T. / Tanaka, T. / Nishio, M. / Gopinath, S.C. / Takio, K. / Shinkai, A. / Kumar, P.K.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月9日Group: Derived calculations
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 146aa long hypothetical transcriptional regulator
C: 146aa long hypothetical transcriptional regulator
D: 5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7774
ポリマ－40,7774
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.440, 106.730, 82.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 146aa long hypothetical transcriptional regulator / Transcription regulator ST1710


分子量: 16879.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 遺伝子: ST1710 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 CodonPlus (DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q96ZY1
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3'


分子量: 3976.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*T)-3'


分子量: 3041.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 30% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) 0.02M Calcium chloride dehydrate, 0.1M sodium trihydrate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Calcium chloride dehydrate11
3sodium trihydrate11
4MPD12
5Calcium chloride dehydrate12
6sodium trihydrate12

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97896, 0.97930, 1.000
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月27日
詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror which is coated in rhodium
放射モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator, Si (111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978961
20.97931
311
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 24231 / Num. obs: 24231 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.8 % / Num. unique all: 2372 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.1→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2021016.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1726 7.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 24202 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.2158 Å2 / ksol: 0.360857 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.15 Å2 / Biso mean: 51.1 Å2 / Biso min: 18.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8 Å20 Å20 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---6.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 466 0 154 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 262 6.8 %
Rwork0.242 3577 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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