PDB-3geu: Crystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3geu

タイトル

Crystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of the tetracycline repressor protein family

要素

Intercellular adhesion protein R

キーワード

CELL ADHESION / TetR family / intercellular adhesion regulator / IDP00851 / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of IcaR from Staphylococcus aureus, a member of the tetracycline repressor protein family
著者: Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3geu.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3geu.ent.gz	147 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3geu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3geu_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3geu_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	3geu_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	3geu_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3geu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3geu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5aqc-d 2zcn-2 3pm1-d 5cxi-d 1dzb-2 6fqa-1 2zcn-1 5tuc-1 3kkd-1 4u4v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00851

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Intercellular adhesion protein R

B: Intercellular adhesion protein R

C: Intercellular adhesion protein R

D: Intercellular adhesion protein R

ヘテロ分子

90.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Intercellular adhesion protein R

B: Intercellular adhesion protein R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Intercellular adhesion protein R

D: Intercellular adhesion protein R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.922, 121.141, 61.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-187- CL
2	1	C-188- CL

#1: タンパク質	Intercellular adhesion protein R / Biofilm operon icaABCD HTH-type negative transcriptional regulator icaR 分子量: 22517.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: icaR, SACOL2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HCN2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG3350 20%, 0.2M NH4 Formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-D	1	0.97624
シンクロトロン	APS	21-ID-D	2	0.99

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2008年12月5日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2009年2月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111) double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97624	1
2	0.99	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 67790 / Num. obs: 67319 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.08

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6284 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 1.9→40.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.632 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3392	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	67217	98.81 %	-
all	-	67790	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 231.67 Å² / B_iso mean: 35.916 Å² / B_iso min: 8.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6280	0	36	431	6747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.96	8784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.258	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.176	25.858	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.193	15	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.252	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.339	1.5	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.802	2	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.331	3	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.234	4.5	2575

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	208	-
R_work	0.25	4059	-
all	-	4267	-
obs	-	6284	85.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4749	0.2085	-0.127	0.3862	0.548	2.0681	-0.0461	0.1253	0.1669	-0.121	-0.1108	0.1422	-0.2282	-0.1194	0.1569	-0.07	0.0291	-0.0424	-0.0315	0.0434	0.0458	7.521	12.594	25.963
2	0.9164	-0.8498	-1.0841	1.8189	1.264	2.5254	0.0686	0.01	0.1598	-0.1064	0.0509	-0.37	-0.0094	0.2329	-0.1195	-0.1294	0.0153	0.0095	-0.0396	0.0297	0.0517	27.215	7.275	32.863
3	0.822	-0.3147	0.4683	0.6181	-0.0185	2.1585	-0.0602	-0.1381	-0.182	0.1805	0.0394	0.2497	0.0159	-0.1874	0.0208	-0.0279	0.0623	0.0606	-0.0905	0.0372	0.1228	0.198	45.987	12.327
4	1.0662	0.3317	0.5179	1.0846	0.8746	1.88	0.0132	-0.025	-0.0898	0.0933	0.1302	-0.2018	0.0392	0.3187	-0.1434	-0.0835	0.0453	-0.0157	-0.0754	-0.0307	0.0668	20.163	40.119	5.659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 180

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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