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万見
- PDB-3ged: Fingerprint and Structural Analysis of a Apo SCOR enzyme from Clo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ged
タイトルFingerprint and Structural Analysis of a Apo SCOR enzyme from Clostridium thermocellum
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / sdr / SCOR / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOSULFATE / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Huether, R. / Liu, Z.J. / Xu, H. / Wang, B.C. / Pletnev, V. / Mao, Q. / Umland, T. / Duax, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Sequence fingerprint and structural analysis of the SCOR enzyme A3DFK9 from Clostridium thermocellum.
著者: Huether, R. / Liu, Z.J. / Xu, H. / Wang, B.C. / Pletnev, V.Z. / Mao, Q. / Duax, W.L. / Umland, T.C.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年3月17日ID: 3DII
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4269
ポリマ－54,8592
非ポリマー5677
水9,926551
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,85118
ポリマ－109,7184
非ポリマー1,13314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area22240 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area32020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.287, 124.287, 162.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 27429.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: strain ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_1510 / プラスミド: pETSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A3DFK9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 298 K
詳細: 25% (w/v) PEG 4000,100mM TAPs pH 9.0, 50mM sodium thiosulfate pentahydrate 1:1 cocktail to protein ratio (10mg/ml), hanging drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979454 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979454 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.416→99.015 Å / Num. obs: 68407 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.69→1.74 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1YDE, 1VL8

1yde

1vl8


解像度: 1.698→49.684 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 3442 5.03 %
Rwork0.179 --
obs0.18 68407 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.211 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.99 Å2 / Biso mean: 32.972 Å2 / Biso min: 18.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.339 Å20 Å20 Å2
2---0.339 Å2-0 Å2
3---0.677 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→49.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3758 0 29 551 4338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3275220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8481398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.698-1.7220.2331490.2152528267796
1.722-1.7460.2371300.2022594272499
1.746-1.7720.2551310.20226202751100
1.772-1.80.2211360.19426242760100
1.8-1.8290.2341570.18426062763100
1.829-1.8610.2051450.1772581272699
1.861-1.8950.2591260.2112442256892
1.895-1.9310.4691180.3852331244988
1.931-1.9710.2571570.2112437259494
1.971-2.0140.1951370.1652594273199
2.014-2.060.2131560.162621277799
2.06-2.1120.191180.1622636275499
2.112-2.1690.1831380.1652603274199
2.169-2.2330.2421300.1922502263295
2.233-2.3050.2591230.2352475259893
2.305-2.3870.2081540.1742621277599
2.387-2.4830.171480.1612625277399
2.483-2.5960.21190.1722676279599
2.596-2.7330.2111280.172643277199
2.733-2.9040.2181300.18326672797100
2.904-3.1280.2081570.18126642821100
3.128-3.4430.1671450.15526752820100
3.443-3.9410.1761290.1452681281099
3.941-4.9640.1791330.1442721285499
4.964-49.7050.2091480.1982798294698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4478-0.33050.08170.8333-0.06410.7688-0.1066-0.30440.0930.08140.11760.0295-0.1747-0.045-0.0335-0.0411-0.0143-0.01790.1118-0.06110.04255.303774.912158.4871
20.6577-0.3-0.00490.59220.02840.5350.07510.0234-0.0253-0.2787-0.05850.1233-0.0186-0.159-0.050.0729-0.0664-0.065-0.0408-0.01610.032249.319869.064929.4268
32.2364-2.012.22358.0644-4.54542.29360.0862-0.9287-1.5289-0.1307-0.17111.3606-1.5452-2.57110.0920.15710.094-0.0260.3149-0.12520.29768.275180.242453.9859
42-5.3825-6.23942220.59292.23662.3133-4.43292.24970.2337-6.0343-9.9705-2.84240.580.1468-0.05880.37150.00510.395244.156155.956433.9526
522.8052222-0.0933-0.49423.581-7.22150.49627.8391-3.518610.7451-0.41020.61940.0096-0.08990.6651-0.01420.538459.030978.393365.9691
62-6.10054.000120.886320.3274-8.67126.8588-1.17650.48951.80329.4416-2.2757-0.83310.65810.00880.03320.7298-0.09790.596345.709365.118821.9721
727.279822-7.68222-0.3074-0.04532.6135-0.11141.28067.68830.80645.5806-0.96420.12830.0775-0.03110.3314-0.07410.507450.693893.368764.6308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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