PDB-3gea: Donor strand complemented FaeG monomer of F4 variant ad

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gea

タイトル

Donor strand complemented FaeG monomer of F4 variant ad

要素

K88 fimbrial protein AD

キーワード

CELL ADHESION / immunoglobulin like fold / Fimbrium

機能・相同性

pilus / K88 fimbrial protein AD

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of pre- and postpolymerization states in the F4 fimbrial subunit FaeG
著者: Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / De Kerpel, M. / Wyns, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

履歴

登録	2009年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gea.cif.gz	215.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gea.ent.gz	172.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gea_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gea_full_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示
XML形式データ	3gea_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	3gea_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3gea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3gea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gewC 3gfuC 3gghC 3hlrC 2j6gS 2j6r 3f65 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wei-d 4odm-4 4k83-d 2ann-d 1pug-1 6mq7-1 3aot-d 5fv7-2 2vpk-1 3g1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: K88 fimbrial protein AD

B: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.965, 123.965, 95.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	K88 fimbrial protein AD / FaeGntd/dsc / K88 pilin / K88 antigen 分子量: 28796.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: C1360-79 / 遺伝子: faeG / プラスミド: pEXP96 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P14191
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / K88 pilin / K88 antigen / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP ...THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP RESIDUE 59) IS CONFLICT OF FAEG3_ECOLX.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→28.677 Å / Num. all: 93586 / Num. obs: 93586 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.699→1.79 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.698 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J6G

2j6g

解像度: 1.699→28.677 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	4691	5.01 %
R_work	0.1592	-	-
obs	0.1604	93547	99.91 %
all	-	93586	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.919 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.106 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.106 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.212 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→28.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	45	521	4449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.031	4002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.537	5438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.465	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.237	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	703

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6988-1.7181	0.2328	154	0.2049	2885	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7181-1.7384	0.212	165	0.1869	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7384-1.7595	0.2101	141	0.1783	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7595-1.7818	0.2095	167	0.1715	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7818-1.8053	0.1953	158	0.1634	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8053-1.83	0.2028	144	0.1623	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.8561	0.1759	153	0.1632	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8561-1.8838	0.176	174	0.1514	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8838-1.9133	0.1786	157	0.148	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9133-1.9446	0.184	156	0.1471	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9446-1.9781	0.1813	141	0.1399	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9781-2.0141	0.166	167	0.1392	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0141-2.0528	0.1485	150	0.1418	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.0947	0.1562	159	0.1414	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.1403	0.1594	170	0.1364	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1403-2.19	0.1567	168	0.1355	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.2448	0.1714	136	0.1378	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2448-2.3054	0.1807	136	0.1408	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3054-2.3732	0.1597	147	0.1493	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3732-2.4498	0.1905	129	0.1516	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4498-2.5373	0.1864	159	0.1527	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5373-2.6388	0.1689	141	0.1522	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6388-2.7588	0.1751	157	0.1562	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7588-2.9042	0.1684	147	0.1603	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9042-3.0859	0.1722	163	0.1526	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0859-3.3239	0.186	187	0.1607	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3239-3.6578	0.1648	156	0.1466	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6578-4.1856	0.1528	150	0.1468	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1856-5.2681	0.1705	173	0.1445	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2681-28.6819	0.2184	186	0.1908	3127	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1668	0.068	0.0276	0.486	0.0992	0.58	-0.0018	-0.031	-0.0052	-0.0486	0.0057	-0.0115	-0.014	-0.0051	-0.0049	0.0548	-0.0036	-0.0103	0.0345	-0.0007	0.0218	57.5559	22.8809	14.9631
2	0.8517	-0.9561	-0.0537	1.8503	-0.307	0.6461	-0.0939	-0.0758	-0.2769	0.0031	0.1152	0.4588	0.022	-0.1109	-0.0288	0.0726	-0.0091	0.0057	0.0616	0.0345	0.1982	46.366	-13.8912	10.8373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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